在综合工时工作制下，周末加班费的计算是一个相对复杂但又有明确规则的过程。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制是一种灵活的工作时间安排制度，它允许企业以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。这种制度的核心在于，虽然具体某一天或某一周的工作时间可能超过法定标准，但只要在整个计算周期内，平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准基本相同，就不视为违反劳动法规定。

二、周末加班费的计算原则

1. 计算周期内总工作时间未超标：

   • 如果在综合计算周期内，职工的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间（例如，以月为周期，法定标准工作时间为166.64小时），那么即使其中某一天（如周末）的工作时间超过了法定标准，也不视为延长工作时间，因此无需支付周末加班费。

2. 计算周期内总工作时间超标：

   • 如果实际工作时间总数超过了法定标准，那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分延长的工作时间，企业需要按照不低于职工本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 小时工资的计算方法：月工资收入 ÷（月计薪天数21.75天 × 8小时）。

3. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超标，只要职工在法定节假日工作，企业都应按照不低于职工本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

三、具体计算示例

假设某员工月工资为6000元，实行以月为周期的综合工时制，该月制度工作时间为166.64小时。

1. 计算小时工资：

   • 小时工资 = 6000 ÷（21.75 × 8）≈ 34.48元/小时

2. 确定加班时长：

   • 若该月实际出勤200小时，则加班时长为：200 - 166.64 = 33.36小时

3. 计算加班费：

   • 若这33.36小时全部为工作日延时加班（且无法通过调休补偿），则加班费 = 33.36 × 34.48 × 150% ≈ 1722.36元
   • 若这33.36小时中包含周末加班且无法安排补休，同样按150%计算（但需注意，若周期内总工时未超标，周末加班本身不直接产生加班费，此处仅为说明计算方式）；若包含法定节假日加班（如8小时），则节假日加班费 = 8 × 34.48 × 300% ≈ 827.52元，剩余加班费按150%计算。

四、注意事项

1. 地区差异：各地对于综合工时制的具体规定和操作可能存在差异，企业在实施时应参照当地法律法规和政策执行。

2. 补休安排：在综合计算周期内，如果某一具体日（或周）的实际工作时间超过标准，且能安排补休的，应优先安排补休，以减少加班费的支出。

3. 证据留存：用人单位应完整保存考勤记录、排班表及工资条等证据，用以证明工时核算的合规性。劳动者在主张加班费时，也需要提供初步的举证材料。

4. 协商优先：企业可以通过集体合同或劳动合同与职工约定更优惠的加班费标准，但不得低于法定最低要求。

综上所述，综合工时制下的周末加班费计算需根据具体的工作时间和安排来确定，并应严格遵守相关法律法规的规定。希望这些信息能帮助您更好地理解和处理相关问题。