在综合工时制下，当加班时间超出上限时，加班工资的计算是一个涉及多个方面的细致过程。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时制的基本概念与加班时长限制

综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，在一段时间内连续作业，并采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间。但重要的是，员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。这是法律对劳动者休息权益的保障，也是计算加班工资时需要严格遵守的时长限制。

二、加班工资的计算基数

加班工资的计算基数是劳动者本人小时工资，具体计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。这个基数是计算所有类型加班工资的基础，确保了加班工资的公平性和合理性。

三、加班工资的支付标准

1. 平时加班：

   • 在综合计算周期内，若劳动者实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间。
   • 用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。例如，若以月为周期，超出的小时数乘以小时工资再乘以150%，即为应支付的加班工资。

2. 法定节假日加班：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 法定节假日加班的计薪标准高于正常工作日的超时加班，且不能通过补休来替代，这是法律对劳动者在特殊日期工作的特殊补偿。

四、超出加班时间上限的加班工资计算

当加班时间超出每月36小时的上限时，超出部分的加班工资仍应按照平时加班的标准计算，即不低于劳动者本人小时工资标准的150%。这是因为，即使加班时间超过了上限，劳动者仍然提供了额外的劳动，应当得到相应的补偿。

五、注意事项与合规建议

1. 确保审批与合规：

   • 实行综合计算工时工作制需要经过劳动行政部门的审批，用人单位应确保这一制度的合法性和合规性。

2. 合理安排工作时间：

   • 用人单位应合理安排劳动者的工作时间，避免过度加班，以维护劳动者的身心健康和工作积极性。

3. 建立健全加班管理制度：

   • 用人单位应建立健全的加班管理制度，明确加班的审批流程、加班工资的计算方法和支付时间等，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。

4. 关注地方政策差异：

   • 各地可能会根据实际情况制定一些具体的实施细则和规定，用人单位在计算综合工时超时加班费时，还需结合当地的相关政策来准确计算。

综上所述，当综合工时制下的加班时间超出上限时，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资，并严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。