超过工作时间的加班计算方式需根据具体情形确定，主要涉及加班时长认定、加班工资计算标准及特殊情形下的处理规则，具体分析如下：

1. 加班时长的认定
   根据《劳动法》第三十六条，劳动者每日工作时间不超过8小时、平均每周不超过44小时（实践中多以每日8小时、每周40小时为标准）。超出部分即构成加班，包括：

   • 工作日加班：每日超过8小时的部分；
     
   • 休息日加班：周六、日全天工作且未安排补休；
     
   • 法定节假日加班：元旦、春节等法定假日工作。
     

2. 加班工资的计算标准
   根据《劳动法》第四十四条，加班工资按以下标准支付：

   • 工作日加班：不低于工资的150%（如月工资5000元，日工资为5000÷21.75≈230元，小时工资为230÷8≈28.75元，加班1小时工资为28.75×1.5≈43.13元）；
     
   • 休息日加班：优先安排补休，无法补休的支付不低于工资的200%（如全天加班工资为230×2=460元）；
     
   • 法定节假日加班：支付不低于工资的300%（如全天加班工资为230×3=690元）。
     

3. 特殊情形下的处理规则

   • 综合计算工时制：经劳动行政部门批准，劳动者工作时间以周、月、季、年为周期综合计算，但平均日/周工作时间应与法定标准一致。超出部分视为加班，按工作日150%、法定节假日300%支付工资（休息日加班不额外支付，除非周期内总工时超标）；
     
   • 不定时工作制：经批准后，劳动者无固定工作时间，一般不支付加班工资，但法定节假日工作仍需支付300%工资；
     
   • 自愿加班：若用人单位未安排加班，劳动者自愿延长工作时间，通常不视为法律意义上的“加班”，用人单位无需支付加班工资（但需注意，若用人单位通过制度或管理行为变相强制加班，仍需支付工资）。
     

建议：若用人单位未依法支付加班工资，劳动者可先与单位协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体争议，可进一步向我咨询细节。