加班实际时间超过预定时间的计算方式需根据具体加班类型及法律规定来确定，核心结论如下：

1. 工作日加班
   根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者在工作日延长工作时间的，应支付不低于工资的150%的工资报酬。计算方式为：实际加班时间×小时工资×150%。例如，员工小时工资为50元，实际加班2小时，则加班费为50×2×1.5=150元。若企业与员工约定了加班上限（如每日不超过3小时），但实际加班超过该上限，超出部分仍需按150%支付加班费，但企业可能因违反《劳动法》第四十一条（每日加班一般不得超过1小时，特殊情况不超过3小时）面临行政处罚。

2. 休息日加班且未调休
   若用人单位安排劳动者在休息日工作且未安排补休，应支付不低于工资的200%的工资报酬。计算方式为：实际加班时间×小时工资×200%。例如，员工小时工资为50元，休息日加班4小时且未调休，则加班费为50×4×2=400元。若企业与员工约定“加班需提前申请，超出部分视为自愿加班”，此类约定因违反《劳动法》强制性规定（休息日加班必须支付加班费）而无效，超出部分仍需按200%支付。

3. 法定节假日加班
   在法定节假日工作的，无论是否调休，用人单位均需支付不低于工资的300%的工资报酬。计算方式为：实际加班时间×小时工资×300%。例如，员工小时工资为50元，国庆节加班3小时，则加班费为50×3×3=450元。若企业以“节日值班”名义规避加班费，需注意：只要劳动者在法定节假日实际提供了劳动（包括值班），均属于法定加班，企业必须支付300%工资，否则可能面临劳动监察投诉或仲裁裁决。

关键提醒：

• 加班费的计算基数通常为劳动合同约定的工资（不得低于当地最低工资标准），若未约定，则以实际工资（含岗位津贴、固定奖金等）为基数。
  
• 企业若通过“加班审批制度”限制加班时间，需确保制度合法（如经民主程序制定、已公示），否则超出部分仍需支付加班费。
  
• 若企业未支付加班费，劳动者可向劳动监察部门投诉（时效2年）或申请劳动仲裁（时效1年），主张加班费及50%-100%的赔偿金（依据《劳动合同法》第八十五条）。
  

如有具体加班场景或计算争议，可直接向我咨询，我会结合证据材料进一步分析。