在综合计时工作制下，当加班时间超过上限时，工资的计算需依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，结合加班的具体时间（平时、休息日、法定节假日）以及加班工资的计算基数来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、加班工资计算基数

加班工资的计算基数通常是劳动者本人小时工资，具体计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。这个基数是计算所有类型加班工资的基础。

二、加班工资支付标准

1. 平时加班：

   • 在综合计算周期内，若劳动者实际工作时间总数超过该周期法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间。
   • 用人单位应按不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。例如，若以月为周期，超出的小时数乘以小时工资再乘以150%，即为应支付的加班工资。

2. 休息日加班：

   • 在综合工时制下，周末工作应优先安排补休。
   • 若不能安排补休，则按照不低于劳动者本人小时工资标准的200%支付加班工资。这里的“休息日”是根据综合计算周期来确定的非工作日，而非固定的周六周日。

3. 法定节假日加班：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间，只要劳动者在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 法定节假日加班的工资不能通过补休来替代，必须直接支付加班费。

三、加班时长限制

• 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。
• 若超出此限制，用人单位仍需按照每小时150%的比例计算加班费，以确保劳动者的休息权益不受侵害。

四、具体计算方法示例

假设某劳动者月工资为5000元，月计薪天数为21.75天，小时工资为5000/21.75/8≈28.74元。

1. 平时加班：

   • 若某月加班10小时，则加班工资为10小时×28.74元/小时×150%=431.1元。

2. 休息日加班（无法安排补休）：

   • 若某周末加班8小时，则加班工资为8小时×28.74元/小时×200%=459.84元。

3. 法定节假日加班：

   • 若某法定节假日加班8小时，则加班工资为8小时×28.74元/小时×300%=689.76元。

五、注意事项

• 实行综合计算工时工作制需要经过劳动行政部门的审批，用人单位应确保劳动者的休息休假权利得到保障。
• 即使采用综合计算工时制，平均日工作时间和平均周工作时间也应与法定标准工作时间基本相同，不得无限制延长劳动者的工作时间。
• 各地可能会根据实际情况制定一些具体的实施细则和规定，在计算综合工时超时加班费时，还需结合当地的相关政策来准确计算。

综上所述，综合计时工作制下加班超过上限的工资计算是一个复杂而细致的过程，需要严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。