在综合工时制下，超时工资的计算是一个涉及多个方面的细致过程，需要依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定来准确执行。以下是对综合工时超时工资计算的详细解答：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的工作。这种制度以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，确保在计算周期内，员工的总实际工作时间不超过该周期的法定标准工作时间。

二、加班工资的计算基数

加班工资的计算基数是劳动者本人小时工资，具体计算方式为：月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。这个基数是计算所有类型加班工资的基础。

三、超时工资的计算标准

1. 平时超时工作：

   • 在综合计算周期内，如果员工的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数，超出部分被视为延长工作时间。
   • 用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班工资。例如，如果以月为周期，超出的小时数乘以小时工资再乘以150%，就是应支付的加班工资。

2. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间，只要员工在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人小时工资标准的300%支付加班工资。
   • 法定节假日的加班工资不能通过补休来替代，必须直接支付现金。

四、具体计算方法

1. 确定加班小时数：

   • 首先，计算员工在综合计算周期内的总工作时间。
   • 然后，减去该周期的法定标准工作时间，得出加班小时数。

2. 计算加班工资：

   • 根据加班小时数和加班工资基数，按照相应的比例（平时超时为150%，法定节假日为300%）计算出加班工资。

五、注意事项

1. 加班时长限制：

   • 根据法律规定，员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。
   • 如果超出此限制，用人单位仍需按照每小时150%的比例计算加班费，以确保劳动者的休息权益不受侵害。

2. 综合计算周期的选择：

   • 用人单位可以根据实际情况选择合适的综合计算周期，如周、月、季或年。
   • 但一旦确定，应在一个周期内保持一致，不得随意变更。

3. 地方政策差异：

   • 各地可能会根据实际情况制定一些具体的实施细则和规定。
   • 在计算综合工时超时工资时，还需结合当地的相关政策来准确计算。

六、实例说明

假设某员工的月工资为5000元，月计薪天数为21.75天，小时工资为5000/21.75/8≈28.74元。在一个月的综合计算周期内，该员工实际工作了180小时，而法定标准工作时间为166.64小时。那么，该员工的加班小时数为180-166.64=13.36小时。按照平时超时的标准，该员工应得的加班工资为13.36×28.74×150%≈576.77元。

综上所述，综合工时制下的超时工资计算需要严格遵守相关法律法规的规定，确保劳动者的合法权益得到充分保障。用人单位应建立健全的加班管理制度，合理安排工作时间，避免过度加班，以维护劳动者的身心健康和工作积极性。