在综合工时制下，当员工超出规定的工作时间时，处理这一问题需要兼顾劳动者权益保护和用人单位的合规管理。以下是对此问题的详细解答：
一、综合工时制下超出工时的性质
综合工时制允许在一定周期内（如周、月、季度）的工作时间总和有所波动，但整个计算周期内的平均工作时间不得超过法定标准，即每日8小时，每周40小时。超出这一标准的工作时间，即被视为加班。
二、劳动者角度的处理方式
确认加班事实：
- 劳动者应首先确认自己是否确实超出了综合工时制下的平均工作时间，并保留好相关证据，如考勤记录、加班通知、工作记录等。
了解加班费标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》，加班应支付加班费。在综合工时制下，超出周期平均工作时间的部分，应按照工作日延长工作时间、休息日工作且不能补休、法定休假日工作的不同标准支付加班费，具体为不低于工资的150%、200%、300%。
与用人单位协商：
- 劳动者应与用人单位明确加班费的计算方式和支付时间，并协商解决方案。如果用人单位拒绝支付加班费或协商不成，劳动者可以采取进一步措施。
寻求法律帮助：
- 劳动者可以向当地劳动保障监察机构投诉举报，或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁结果不服的，还可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
三、用人单位角度的处理方式
合法安排加班：
- 用人单位在安排加班时，需与工会和劳动者协商，并确保加班时间符合法律法规的限制，即一般每日不得超过一小时，特殊情况下每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。
依法支付加班费或安排补休：
- 用人单位应按照《劳动法》规定的标准及时、足额支付加班费。对于休息日加班，可以选择安排补休替代加班费，但法定休假日加班不能用补休替代。
建立规范的加班管理制度：
- 用人单位应制定明确的加班审批流程，避免随意加班，并详细记录加班时间、人员及工作内容，以便核算加班费和应对可能的劳动纠纷。
合理规划工时安排：
- 用人单位应根据经营状况合理规划工时安排，避免员工长时间超负荷工作，同时确保员工的身心健康和工作积极性。
四、双方共同维护健康工作环境
处理超出工作时间的问题时，劳动者和用人单位应通过沟通协商解决问题，共同维护一个健康、和谐的工作环境。劳动者应了解自己的权益并保留相关证据，用人单位则应遵守法律规定并制定公平的加班政策。通过双方的共同努力和合作，可以确保综合工时制的顺利实施和双方权益的有效保护。