在综合工时制下，判断是否超时主要依据的是周期内总工作时间是否超过了法定标准工作时间。

结论前置：综合工时制超时的情况主要是指，在一个计算周期内（如月、季、年等），员工实际工作的总时间超过了该周期内法定的标准工作时间总和。

详细解释：

1. 综合工时制的定义：综合工时制是指因工作性质特殊或受季节、自然条件限制，需要在一个周期内（如月、季、年等）综合计算工作时间的一种工时制度。在这种制度下，员工的具体工作时间安排可以相对灵活，但总体上需保证不超过法定的工作时间限制。

2. 法定标准工作时间：根据《劳动法》及相关规定，一般情况下，员工每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时（部分特殊行业或岗位可能有不同规定，需具体参考相关法律法规）。在综合工时制下，这个标准需要在整个计算周期内综合考量。

3. 超时的判断：

   • 如果在一个计算周期内，员工实际工作的总时间（包括正常工作时间、加班时间等）超过了该周期内按法定标准计算的总工作时间，即视为超时。
   • 例如，某员工实行综合工时制，以月为计算周期。如果该月内员工总共工作了超过160小时（按每周40小时计算，4周共160小时），则视为超时。

4. 超时的法律后果：

   • 超时工作需要按照相关法律法规支付加班费，具体标准可能因地区、行业等因素有所不同。
   • 长期超时工作可能违反劳动法规，引发劳动纠纷，甚至可能导致企业面临法律处罚。

建议：

• 企业应合理安排员工的工作时间，确保在综合工时制下也不超过法定的工作时间限制。
• 员工应关注自己的工作时间记录，如发现有超时情况，应及时与企业沟通并寻求合理解决。
• 如有具体疑问或争议，建议咨询专业律师（如本人）以获取更准确的法律意见。