在综合工时制下，员工超时工作的加班费支付标准主要依据实际工作时间与法定标准工作时间的对比，以及是否在法定节假日工作来确定。以下是对这一问题的详细解答：

一、综合工时制的基本概念

综合工时制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业，采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的岗位。在综合计算周期内，员工的总实际工作时间不应超过该周期的法定标准工作时间。

二、法定工作时间标准

• 年法定标准工作时间：250天（365天-104天休息日-11天法定节假日）×8小时/天=2000小时。
• 季法定标准工作时间：500小时（250天÷4×8小时/天）。
• 月法定标准工作时间：166.64小时（250天÷12月×8小时/天）或20.83天×8小时/天。

三、超时加班费的计算标准

1. 正常工作日超时工作：

   • 在综合计算周期内，若员工的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超出部分视为延长工作时间。
   • 用人单位应支付不低于劳动者本人小时工资150%的加班工资。

2. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算工时周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间，只要员工在法定节假日工作，用人单位都应按照不低于劳动者本人小时工资300%的标准支付加班工资。

四、具体计算方法及示例

1. 确定加班小时数：

   • 计算员工在综合计算周期内的总工作时间，然后减去该周期的法定标准工作时间，得出加班小时数。

2. 计算加班工资基数：

   • 加班工资基数通常为劳动者本人的小时工资，即月工资收入除以月计薪天数（通常为21.75天）再除以8小时。

3. 计算加班工资：

   • 根据加班小时数和加班工资基数，按照相应的比例（超时工作为150%，法定节假日为300%）计算出加班工资。

示例： 假设某员工月工资为5000元，月计薪天数为21.75天，小时工资为\(5000 \div 21.75 \div 8 \approx 28.74\)元/小时。在一个月的综合计算周期内，该员工实际工作了180小时，法定标准工作时间为166.64小时，则加班小时数为\(180 - 166.64 = 13.36\)小时。因此，该员工应得的加班工资为\(13.36 \times 28.74 \times 150\% \approx 574.68\)元。

五、注意事项

1. 每月加班时长限制：

   • 员工在正常工作周期以外的延长期限内工作的小时数，平均每月累计不得超过36小时。这是为了保护员工的身心健康，防止过度劳累。

2. 综合计算周期的选择：

   • 用人单位可以根据实际情况选择合适的综合计算周期，但一旦确定，应在一个周期内保持一致，不得随意变更。

3. 法定节假日的特殊性：

   • 法定节假日加班的计薪标准高于正常工作日的超时加班，应按照300%的比例计算，这是法律对员工在特殊日期工作的额外补偿。

4. 地方政策差异：

   • 各地可能会根据实际情况制定一些具体的实施细则和规定，在计算综合工时超时加班费时，还需结合当地的相关政策来准确计算。例如，某些地区可能对加班工资的计算基数有特别规定。

总结来说，在综合工时制下，员工超时工作的加班费支付标准主要依据实际工作时间与法定标准工作时间的对比，以及是否在法定节假日工作来确定。用人单位应严格遵守相关法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障。如果您在综合工时制下遇到加班费支付问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。