结论：公司把标准工时改成综合工时，休息日加班给1.5倍加班费是否合理，需分情况讨论。若综合工时制已经劳动行政部门批准，且休息日加班后安排了补休，则无需支付加班费；若未安排补休，则应支付不低于工资的200%的工资报酬，此时给1.5倍加班费是不合理的。若综合工时制未经批准，则公司仍应按照标准工时制支付加班费，休息日加班通常应支付2倍工资，给1.5倍同样不合理。
分析：
综合工时制下的加班费支付：
- 综合工时制是一种特殊工时制度，它允许用人单位在保障劳动者身体健康的前提下，灵活安排工作时间和休息时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 根据《工资支付暂行规定》第十三条，实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按本规定支付延长工作时间的工资报酬。
- 休息日加班：在综合工时制下，如果劳动者在休息日工作，但整个综合计算周期内的总工作时间未超过法定标准，那么这部分工作通常被视为正常工作，不支付加班费。然而，如果休息日工作后，用人单位未能在下一个综合计算周期内安排补休，则应按照不低于工资的200%支付工资报酬。因此，若公司未安排补休，仅支付1.5倍加班费是不合理的。
未经批准的综合工时制：
- 如果公司未经劳动行政部门批准，擅自实行综合工时制，那么这种工时制度是无效的。在这种情况下，公司仍应按照标准工时制支付加班费。
- 根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。因此，若公司未经批准实行综合工时制，休息日加班仅支付1.5倍加班费同样是不合理的。
建议：
- 对于劳动者而言，如果发现公司擅自更改工时制度或未按规定支付加班费，应及时向公司提出异议，并保留好相关证据（如考勤记录、工资单等）。
- 如果公司拒绝改正或协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应严格遵守国家关于工时制度和加班费支付的规定，确保劳动者的合法权益得到保障。在实行综合工时制前，应依法向劳动行政部门申请批准，并按照规定支付加班费。
公式计算（若涉及具体数额）：
- 假设劳动者的月工资为W元，日工资为W/21.75元（假设每月平均工作21.75天）。
- 若休息日加班且未安排补休，应支付的加班费为：日工资 × 200% = (W/21.75) × 2。
- 若公司仅支付1.5倍加班费，则少支付的金额为：(W/21.75) × (2 - 1.5) = (W/21.75) × 0.5。
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