超过综合工时的加班并非全部都按1.5倍计算工资，这一说法并不完全合法，具体需分情况讨论。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制下的加班工资计算
在综合工时制下，加班工资的计算并非简单地按照1.5倍来计算。综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）将工作时间进行平均计算，只要平均工作时间不超过法定标准工作时间（即每日8小时，每周40小时），就不视为加班。然而，当实际工作时间超过法定标准工作时间时，就需要支付加班工资。
工作日加班：
- 如果劳动者在综合计算周期内的实际工作时间超过了法定标准工作时间，且超出部分无法安排补休，那么超出部分应按照不低于工资的150%支付加班工资。但这里的“超出部分”并非指所有加班时间，而是指在一个综合计算周期内，总工作时间超过法定标准工作时间的部分。
休息日加班：
- 在综合工时制下，休息日加班的处理方式与标准工时制有所不同。如果劳动者在休息日工作，但整个综合计算周期内的总工作时间并未超过法定标准工作时间，那么通常不视为加班，也不需要支付加班工资。然而，如果休息日工作导致整个周期内的总工作时间超过了法定标准，且超出部分无法安排补休，则应按照不低于工资的200%支付加班工资（但实际操作中，由于综合工时制的特殊性，这种情况较为少见，更多是通过调整工作周期内的其他工作时间来平衡）。不过，更常见的情形是，在综合工时制下，若休息日工作且未安排补休，但整个周期内总工时未超标，则可能通过调整后续工作时间来避免支付加班费；若总工时超标，则超出部分按工作日加班处理（即150%工资），而非休息日加班的200%。但严格来说，若休息日工作直接导致周期内总工时超标且无法补休，理论上应按超出部分的时间，根据超出的具体时长（若可明确区分出因休息日工作导致的超出时长）来计算加班费，但实践中多按周期总超时统一按150%计算，除非能精确区分。为简化理解，可认为在综合工时制下，休息日工作本身不直接决定加班费倍数，而是看周期内总工时是否超标。
- 简化理解：在综合工时制中，更关键的是看整个计算周期（如月、季）内的总工作时间是否超过了法定标准。如果未超过，休息日工作通常不额外支付加班费（除非有特别约定或地方规定）；如果超过了，则超出部分按工作日加班（150%工资）处理，不论这超出部分是否包含休息日的工作时间。但严格从法律条文出发，若能明确休息日工作导致的具体超出时长且无法补休，该部分应按更高标准（若可归类为休息日加班的特殊情形，理论上可主张200%，但实践中难操作）或至少按工作日加班标准（150%）支付。不过，为避免混淆，通常实践中，综合工时制下休息日工作且周期总工时超标的，超出部分统一按150%计算加班费。
法定节假日加班：
- 无论劳动者实行的是何种工时制度，只要在法定节假日工作，用人单位都应当按照不低于工资的300%支付加班工资。这是法律的强制性规定，不受综合工时制的影响。
二、法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
- （一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
- （二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
- （三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
《工资支付暂行规定》第十三条：用人单位在劳动者完成劳动定额或规定的工作任务后，根据实际需要安排劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应按以下标准支付工资：……（三）用人单位依法安排劳动者在法定休假节日工作的，按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资。实行综合计算工时工作制的企业，劳动者综合计算工作时间超过法定标准工作时间的，应当视为延长工作时间，并按照本条第一款第（一）项支付劳动者延长工作时间的工资（即150%工资）。
三、实际操作与建议
了解工时制度：劳动者应首先了解自己实行的是何种工时制度（标准工时制、综合工时制或不定时工时制），以便准确计算加班工资。
保留证据：劳动者应保留好与加班相关的证据，如加班通知、考勤记录、工作记录等，以便在发生纠纷时证明自己的加班事实。
及时沟通：如果劳动者对自己的加班工资计算有疑问或认为用人单位未依法支付加班工资，应及时与用人单位沟通并查阅相关的劳动合同和法律法规。
寻求法律援助：如果沟通无果或认为自己的权益受到了侵害，劳动者可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助来维护自己的合法权益。
综上所述，超过综合工时的加班并非全部都按1.5倍计算工资。在综合工时制下，加班工资的计算需根据具体情况来确定，包括加班的时间（工作日、休息日还是法定节假日）以及整个综合计算周期内的总工作时间是否超过法定标准工作时间。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。