结论：综合工时制下，工资若已包含加班费但远超综合工时一倍，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。

详细分析：

1. 综合工时制下的加班费计算原则：

   • 综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它允许以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，那么超出的部分应被视为延长工作时间，并按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 法定节假日安排劳动者工作的，无论采用何种工时制度，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。

2. 工资包含加班费但远超综合工时一倍的情况分析：

   • 情况一：加班费计算合法且合理：

     • 如果用人单位在计算工资时，已经按照法律法规的规定，对延长工作时间和法定节假日工作的部分支付了相应的加班费，并且这些加班费的计算方式合法、合理，那么即使工资总额远超综合工时的一倍，也不构成违法。
     • 例如，劳动者在综合计算周期内延长工作时间共计100小时，按照其小时工资标准的150%支付加班费；同时，在法定节假日工作了8小时，按照其日或小时工资标准的300%支付加班费。这些加班费与正常工作时间工资相加，总额可能远超综合工时的一倍，但这是合法的。

   • 情况二：加班费计算违法或不合理：

     • 如果用人单位在计算工资时，未按照法律法规的规定支付加班费，或者加班费的计算方式存在违法、不合理之处（如未按照规定的倍数支付、未计入所有应计加班时间等），那么即使工资总额远超综合工时的一倍，也可能构成违法。
     • 例如，用人单位在计算延长工作时间的加班费时，只按照劳动者本人小时工资标准的100%支付，而不是规定的150%；或者未将法定节假日工作的部分计入加班时间，未支付相应的加班费。这些情况下，工资总额虽然可能远超综合工时的一倍，但加班费的支付是违法的。

3. 地区性法规和劳动合同约定的影响：

   • 除了上述一般原则外，还需考虑地区性法规、行业规定以及劳动合同中的特定约定。这些都可能对综合工时制下的加班费计算产生影响。
   • 如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。

建议：

• 如果你对用人单位计算的加班费有疑问或认为其存在违法、不合理之处，建议首先与用人单位进行沟通协商，要求其提供详细的加班费计算方式和依据。
• 如果沟通协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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