结论：在综合工时制下，每周工作50小时但支付加班费是否合法，需分情况讨论。若企业已依法申请并获批综合工时制，且加班时间未超过法定上限，同时依法支付了加班费，则是合法的；反之，则可能不合法。

分析：

1. 综合工时制的定义与申请：

   • 综合工时制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，而采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。
   • 企业实行综合工时制，需向劳动保障行政部门提出申请，获得批准后方可实施。

2. 加班时间的限制：

   • 在综合工时制下，一个周期内（如周、月、季、年）的总工作时间不得超过法定标准工作时间（如月工作时间不得超过166.64小时，这是基于每日工作8小时，每周工作40小时，一个月平均工作20.83天计算得出的）。
   • 若周期内的总工作时间超过了法定标准，超出部分应视为加班，企业需支付加班费。

3. 加班费的支付：

   • 根据《劳动法》及相关规定，工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 在综合工时制下，若周期内总工作时间未超标，但存在特定日（如休息日或法定休假日）工作的情况，且企业未安排补休，则仍需按上述标准支付加班费。

4. 具体到本案例：

   • 若企业已依法申请并获批综合工时制，且该周的总工作时间（50小时）未超过月法定标准工作时间（按比例折算，若以月为周期，则50小时未超过166.64小时），同时企业已依法支付了加班费（如因在休息日或法定休假日工作而产生的加班费），则是合法的。
   • 若企业未依法申请综合工时制，或该周的总工作时间超过了月法定标准工作时间（按比例折算后），或企业未依法支付加班费，则可能不合法。

建议：

• 对于企业而言，应确保已依法申请并获批综合工时制，同时严格控制加班时间，确保不超过法定上限，并依法支付加班费。
• 对于劳动者而言，若发现企业未依法实行综合工时制或未依法支付加班费，可向当地劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

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