在综合工时制下，周末是否有加班费不能一概而论，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一、综合工时制的基本原则

综合工时制是一种灵活的工作时间安排制度，它允许企业以周、月、季、年为周期综合计算工作时间。在此制度下，某一具体日（或周）的实际工作时间可能超过标准工作时间（每日8小时，每周40小时），但整个计算周期内的总工作时间不得超过法定标准工作时间。这一制度的核心在于“综合计算”，即不再严格区分工作日和休息日，而是从整体上把握工作时间。

二、周末加班费的计算情况

1. 总工作时间未超标：

   • 在综合计算周期内，如果劳动者的总工作时间未超过法定标准工作时间，即使周末有工作安排，也不视为加班，因此无需支付周末加班费。例如，若以月为周期，法定标准工作时间为167.4小时（具体数值可能因地区而异），员工当月总工作时间未超过此标准，则周末工作不计为加班。

2. 总工作时间超标：

   • 若综合计算周期内的总工作时间超过法定标准，则超出部分应视为延长工作时间，即加班。此时，无论加班发生在工作日还是周末，均应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
   • 计算公式：延长工作时间的加班费 = 延长工作小时数 × 小时工资 × 150%。
   • 小时工资计算方法：月工资收入 ÷（月计薪天数21.75天 × 8小时）。

3. 法定节假日工作：

   • 无论综合计算周期内的总工作时间是否超标，劳动者在法定节假日工作的，均应按照不低于本人日或小时工资标准的300%支付加班费。这是法定节假日的特殊规定，与综合计算工时制度无关。
   • 计算公式：法定节假日加班费 = 法定节假日工作小时数 × 小时工资 × 300%。

三、特殊情况与地区差异

• 部分地区特别规定：例如，上海市规定，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间总数，只是某一具体日（或周、月、季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间；但若综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间，则超过部分按1.5倍支付加班费。因此，在具体操作中，还需考虑地区性法规的影响。

• 劳动合同约定：如果劳动合同中有关于工作时间和休息的特别约定，且该约定不违反法律法规，则应遵循合同约定。若用人单位未能合理安排休息时间，导致劳动者在周末等原本应休息的时间继续工作，且总工作时间未超标，也可能被视为违反了劳动法的规定，需要承担相应责任。

四、建议与注意事项

• 企业应合理安排工作时间：确保劳动者的休息权利，避免过度加班。在综合计算周期内，如果某一具体日（或周）的实际工作时间超过标准，且能安排补休的，应优先安排补休，以减少加班费的支出。

• 劳动者应了解自身权益：在签订劳动合同时，应仔细阅读关于工作时间和休息的条款，确保自己的合法权益得到保障。如对加班费计算有疑问或争议，可直接向我咨询。

• 遵守当地法律法规：由于各地对于综合工时制的具体规定和操作可能存在差异，企业在实施时应参照当地法律法规和政策执行，确保合规操作。

综上所述，综合工时制下的周末加班费问题需根据具体的工作时间、计算周期、地区性法规以及劳动合同中的约定来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。