在综合工时制下，周六日上班是否算加班，需根据整个计算周期内的工作时间是否超过法定标准工作时间来判断。具体分析如下：
总工作时间未超标的情况
- 在综合计算工时周期内，如果劳动者的总工作时间未超过法定标准工作时间（例如，以月为周期，法定标准工作时间为167.4小时，具体根据当地法律法规确定），即使周六日有工作安排，也不视为加班。此时，用人单位无需支付加班费。
总工作时间超标的情况
- 若综合计算周期内的总工作时间超过法定标准，则超出部分应视为延长工作时间，即加班。对于超出部分，用人单位需按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。这一规定同样适用于周六日的工作时间。
法定节假日的特殊情况
- 无论综合计算周期内的总工作时间是否超标，劳动者在法定节假日工作的，均应按照不低于本人日或小时工资标准的300%支付加班费。这是法定节假日的特殊规定，与综合计算工时制度无关。例如，如果周六日恰逢法定节假日，那么无论是否超时，用人单位都需支付300%的加班费。
法律建议与注意事项：
- 确保合法审批：企业实行综合计算工时工作制需经过劳动行政部门的审批。未经审批自行实行的，其加班认定和工资支付可能无法按照综合工时制的规定执行。
- 明确劳动合同约定：劳动合同中应明确约定综合计算工时制度的相关内容，包括但不限于计算周期、工作时间安排、休息休假等。这有助于避免潜在的纠纷。
- 保障劳动者休息权利：用人单位应确保劳动者的休息权利，合理安排工作时间和休息时间。如果用人单位未能合理安排休息时间，导致劳动者在周六日等原本应休息的时间继续工作，且总工作时间未超标，也可能被视为违反了劳动法的规定，需要承担相应责任。
实际应用指导：
- 对于劳动者而言，如果对自己的工作时间安排或加班费计算有疑问，应及时与用人单位沟通并查阅相关的劳动合同和法律法规。
- 如果认为自己的权益受到了侵害，可以向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。在实际操作中，建议保留好相关的工作时间记录和加班费支付凭证，以便在需要时提供证据。
综上所述，综合工时制下周六日上班是否算加班，需根据具体的工时计算周期、实际工作时间以及法律法规进行综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。