综合工作时间制下，劳动者是否有加班费需根据具体情况判断，但核心原则是：只要劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，用人单位就应当支付相应的加班费。以下是对这一问题的详细解析：
一、综合工时制的定义与特点
综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制，需连续作业且难以按照标准工作时间进行工作的岗位。该制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，允许在某一具体日（或周）的实际工作时间超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
二、加班费的支付依据与标准
法定节假日加班：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
- 计算公式：假设劳动者的小时工资为W，超出的小时数为H，则加班费为\(W \times H \times 150\%\)。
综合计算周期内未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内未超过法定标准工作时间总数（即使在某一日或某一周内超过了标准工作时间），则通常不视为加班，用人单位无需支付加班费。例如，以月为计算周期，员工全月累计工作时间未超过166.64小时，则不存在加班情况。
休息日工作的特殊情况：
- 在综合工时制下，如果劳动者在休息日工作且用人单位不能安排补休的，一般应按照不低于本人日或小时工资标准的200%计算加班费。但这一点可能因地区性法规或劳动合同的具体约定而有所不同，因此在实际操作中需结合具体情况判断。
三、地区性法规与劳动合同的影响
- 除了上述一般原则外，还需考虑地区性法规、行业规定以及劳动合同中的特定约定。这些都可能对综合工时制下的加班费计算产生影响。
- 如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。
四、建议与注意事项
- 了解当地法规：由于地区性法规可能存在差异，建议劳动者在了解综合工时制加班费问题时，先咨询当地劳动保障部门或专业律师，以确保获取最准确的信息。
- 保留证据：劳动者应保留好与工作时间、加班费相关的证据，如考勤记录、工资单等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 及时维权：如果发现用人单位未依法支付加班费，劳动者应及时与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
综上所述，综合工时制下的加班费计算并非简单的一概而论，而是需要根据具体的工作情况、法律法规以及劳动合同中的约定来确定。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。