综合计算工时制下，劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过法定标准工作时间的，用人单位应当支付加班费。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合计算工时制的定义与特点
综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排方式，它采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方法。这种制度适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制而需在一段时间内连续作业的情况。实行此制度的岗位需经过当地区县劳动保障局的批准，未经批准不能任意扩大范围。
二、加班费的支付依据与标准
法定节假日加班：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。
三、加班费的具体计算方法
计算小时工资基数：
- 加班费应以劳动者的小时工资为基数进行计算。小时工资的计算公式为：\(小时工资 = \frac{月工资收入}{月计薪天数 \times 8小时}\)，其中月计薪天数为21.75天。
确定加班时长：
- 根据实际出勤时间与法定标准工作时间的差额，确定加班时长。
计算加班费：
- 根据加班时长和小时工资基数，按照相应的支付比例（如法定节假日为300%，延长工作时间为150%）计算加班费。
四、示例说明
假设某员工月工资为6000元，实行以月为周期的综合工时制，该月制度工作时间为166.64小时（20.83天×8小时/天）。若该月实际出勤200小时，则加班时长为33.36小时。若这33.36小时全部为工作日延时加班，则加班费计算如下：
- 小时工资：\(小时工资 = \frac{6000}{21.75 \times 8} \approx 34.48元/小时\)
- 加班费：\(加班费 = 33.36 \times 34.48 \times 150\% \approx 1722.36元\)
若这33.36小时中包含法定节假日加班8小时，则加班费计算如下：
- 节假日加班费：\(节假日加班费 = 8 \times 34.48 \times 300\% \approx 827.52元\)
- 剩余加班费：\(剩余加班费 = (33.36 - 8) \times 34.48 \times 150\% \approx 1294.84元\)
- 总加班费：\(总加班费 = 827.52 + 1294.84 = 2122.36元\)
五、注意事项
- 周期核算规则：综合工时制以审批周期为核算单位，周期内总工时未超标的部分不产生加班费。例如季度周期中前两个月超时但第三个月调休后总工时达标，则无需支付加班费。
- 证据留存要求：用人单位须完整保存考勤记录、排班表及工资条等证据，用以证明工时核算合规性。劳动者主张加班费时需提供初步举证材料。
- 协商优先原则：企业可通过集体合同或劳动合同约定更优惠的加班费标准，但不得低于法定最低要求。
总结来说，综合计算工时制并不免除用人单位支付加班费的义务。只要劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，就有权要求用人单位支付相应的加班费。如有更多疑问，可以直接向我咨询。