综合工时制下，劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间的，有加班费。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制的定义与特点
综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制，需连续作业且难以按照标准工作时间进行工作的岗位。该制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
二、加班费的支付依据与标准
法定节假日加班：
- 无论劳动者在综合计算周期内的实际工作时间如何，只要在法定节假日提供了劳动，用人单位就必须按照不低于劳动者本人日或小时工资的300%支付加班工资。这一规定是强制性的，且不能以调休或补休来替代。例如，若劳动者在国庆节期间工作，那么其应获得的加班费就是其日工资的3倍。
综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过了该周期的法定标准工作时间总数（如某季度为500小时，而法定标准工作时间为480小时），那么超出部分应视为延长工作时间。对于这部分超时工作，用人单位应按照不低于劳动者本人小时工资的150%支付加班工资。具体计算公式为：加班费 = 超出小时数 × 小时工资 × 150%。
综合计算周期内未超过法定标准工作时间：
- 如果劳动者的实际工作时间总数在综合计算周期内未超过法定标准工作时间总数（即使在某一日或某一周内超过了标准工作时间），则通常不视为加班，用人单位无需支付加班费。例如，以月为计算周期，员工全月累计工作时间未超过166.64小时（假设月法定标准工作时间为166.64小时），则不存在加班情况。
关于“休息日”加班的特殊说明：
- 在综合工时制下，不存在像标准工时制那样单纯因为是“休息日”上班就支付2倍加班费的情况。因为综合工时制已经对工作时间进行了周期性综合计算，不再严格区分工作日和休息日。然而，如果劳动者在休息日工作且用人单位不能安排补休的，部分地区可能规定应按照不低于本人日或小时工资标准的2倍计算加班费，但具体还需根据地区性法规和劳动合同的具体约定来判断。
三、实际操作中的注意事项
- 地区性法规差异：不同地区可能对综合工时制下的加班费计算有特别规定。因此，在实际操作中，建议咨询当地的劳动法律专业人士或相关部门，以确保合法合规地处理加班费问题。
- 劳动合同约定：如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。
总结来看，综合工时制并不免除用人单位支付加班费的义务。只要劳动者在法定节假日工作或在综合计算周期内的工作时间超过了法定标准工作时间，就有权要求用人单位支付相应的加班费。如果您在综合工时制下遇到了加班费问题，或者对加班费的计算有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。