综合工时制下，一般不存在单纯因“休息日”上班就支付2倍加班费的情况，但延长工作时间的加班费和法定节假日的加班费有明确规定。以下是对这一问题的详细解析：

1. 延长工作时间的加班费：

   • 在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，那么超出的部分应被视为延长工作时间。
   • 根据相关规定，延长工作时间的加班费应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付。
   • 计算公式：加班费 = 超出法定标准工作时间的小时数 × 劳动者本人小时工资标准 × 150%。

2. 法定节假日的加班费：

   • 无论采用何种工时制度，法定节假日安排劳动者工作的，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
   • 计算公式：加班费 = 法定节假日工作的小时数 × 劳动者本人小时工资标准 × 300%（若按日计算，则需将小时工资标准换算为日工资标准）。

3. 关于“休息日”加班的特殊说明：

   • 在综合工时制下，由于工作时间已经进行了周期性综合计算，因此不再严格区分工作日和休息日。
   • 这意味着，单纯因为是“休息日”上班，并不直接触发2倍加班费的支付。加班费的支付取决于总实际工作时间是否超过总法定标准工作时间，以及是否在法定节假日工作。
   • 部分地区可能有特别规定：例如，上海市规定，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间总数，只是某一具体日（或周、月、季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间；但若综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间，则超过部分按1.5倍支付加班费。因此，在具体操作中，还需考虑地区性法规的影响。

4. 劳动合同与地区性法规的考量：

   • 如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。
   • 同时，地区性法规也可能对综合工时制下的加班费计算产生重要影响。因此，在处理具体问题时，需结合劳动合同和地区性法规进行综合判断。

总结与建议：

• 综合工时制下的加班费计算并非简单的一概而论，而是需要根据具体的工作情况、法律法规以及劳动合同中的约定来确定。
• 在实际操作中，建议劳动者和用人单位都详细了解并遵守相关法律法规和劳动合同中的约定，以确保合法合规地处理加班费问题。
• 如果您在综合工时制下遇到了加班费支付方面的疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。