综合工时制下，一般不存在单纯因为是“休息日”上班就支付2倍工资的情况，但法定节假日加班需支付3倍工资，延长工作时间则支付1.5倍工资。以下是对这一问题的详细解析：
一、综合工时制概述
综合计算工时工作制是一种特殊的工作时间安排制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制，需连续作业且难以按照标准工作时间进行工作的岗位。该制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。
二、加班费计算原则
延长工作时间加班：
- 在综合计算周期内，如果劳动者的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，那么超出的部分应被视为延长工作时间。根据相关规定，这部分时间应按照不低于劳动者本人小时工资标准的150%支付加班费。
- 计算公式：延长工作时间加班费 = 超出总法定标准工作时间的小时数 × 劳动者本人小时工资标准 × 150%
法定节假日加班：
- 无论采用何种工时制度，法定节假日安排劳动者工作的，都应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。
- 计算公式：法定节假日加班费 = 法定节假日工作小时数 × 劳动者本人小时工资标准 × 300%
三、关于“休息日”加班的特殊说明
- 在综合工时制下，由于工作时间已经进行了周期性综合计算，因此不再严格区分工作日和休息日。这意味着，单纯因为是“休息日”上班，并不直接适用标准工时制下的2倍工资规定。
- 然而，部分地区可能有特别规定。例如，上海市就规定，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数未超过该周期的法定标准工作时间总数，只是某一具体日（或周、月、季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间；但若综合计算周期内工作时间超过法定标准工作时间，则超过部分按1.5倍支付加班费。
四、综合考虑因素
- 除了上述一般原则外，还需考虑地区性法规、行业规定以及劳动合同中的特定约定。这些都可能对综合工时制下的加班费计算产生影响。
- 如果劳动合同中有明确的加班费计算方式，且该方式不违反法律法规的强制性规定，则应优先按照劳动合同的约定执行。
五、建议与提醒
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读关于工时制度和加班费计算的条款，确保自己的权益得到保障。
- 如果在实际工作中遇到加班费计算问题，建议及时与用人单位沟通协商，并保留好相关证据（如考勤记录、工资单等），以便在必要时维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。