在综合工时制下，年休假期间的工资支付并不直接涉及“几倍”的特殊计算，而是遵循年休假工资的一般支付原则；不过，若综合工时制员工在年休假期间被安排加班，则需根据加班的具体情况（如是否为法定节假日）来支付相应的加班费，其中法定节假日加班需支付三倍工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、年休假工资的一般支付原则
正常休假情况：
- 年休假是劳动者依法享有的休息权利，休假期间视为正常工作。因此，职工在正常休年休假期间，其工资应按照正常出勤的日工资标准发放，即一倍工资。
未休年休假情况：
- 若用人单位因工作需要不能安排职工休年休假，且经职工本人同意，可以不安排休年休假。但对于应休未休的年休假天数，单位需按照该职工日工资收入的300%支付年休假工资报酬。这300%的工资报酬中已包含了用人单位支付职工正常工作期间的工资收入，因此，实际上用人单位需要额外支付的部分是200%的工资作为补偿。
二、综合工时制下年休假加班的工资支付
休息日加班：
- 在年休假期间，若用人单位安排劳动者在休息日（周六、周日）加班且不能安排补休，应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的200%支付加班费。但这一情形在年休假期间较为少见，因为年休假本身即为休息时间。
法定节假日加班：
- 若年休假期间包含法定节假日，且用人单位安排劳动者在法定节假日工作，则应按照不低于劳动者本人日或小时工资标准的300%支付加班费。这是综合工时制下年休假期间加班工资支付的特殊情形，也是您问题中可能关注的重点。
三、具体计算方法与示例
确定日工资标准：
- 日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数
- 月计薪天数通常为21.75天（依据相关规定）
计算法定节假日加班工资（以年休假期间包含法定节假日为例）：
- 法定节假日加班工资 = 日工资 × 300% × 法定节假日加班天数
示例：
- 假设员工小李月工资为6000元，在年休假期间被安排在法定节假日加班1天，则其加班工资计算如下：
- 日工资 = 6000 ÷ 21.75 ≈ 275.86元
- 法定节假日加班工资 = 275.86 × 300% × 1 = 827.58元
四、注意事项
地区与行业差异：
- 具体计算方式可能因地区、行业及企业规定而有所不同，建议参考当地劳动法规和企业规章制度。
记录与证明：
- 用人单位应准确记录员工的加班时间，并提供相应的加班证明，以确保加班工资的合法支付。
权益维护：
- 若用人单位未按规定支付年休假工资或加班费，劳动者可以依法向相关部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。
综上所述，综合工时制下年休假期间的工资支付主要遵循年休假工资的一般支付原则；若涉及加班，则需根据加班的具体情况来支付相应的加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。