在综合工时制下，员工在法定节假日工作是有权获得三倍工资的。以下是对这一问题的详细解析：

一、综合工时制的基本概念

综合计算工时工作制是一种特殊的工时制度，它适用于因工作性质特殊或受自然条件限制而需连续作业的行业。这种制度以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，允许某一具体日（或周）的实际工作时间超过标准工作时间，但周期内总工作时间不得超过法定标准。

二、三倍工资的法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这是计算三倍工资的法律基础，也是员工在法定节假日工作获得三倍工资的直接依据。

三、三倍工资的具体计算方法

1. 确定日工资标准：

   • 日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数
   • 月计薪天数通常为21.75天（依据原劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》）

2. 计算法定节假日加班工资：

   • 法定节假日加班工资 = 日工资 × 300% × 法定节假日加班天数

举例说明： 假设员工小李的月工资为6000元，在法定节假日加班1天，则其加班工资计算如下：

• 日工资 = 6000 ÷ 21.75 ≈ 275.86元
• 法定节假日加班工资 = 275.86 × 300% × 1 = 827.58元

四、需注意的特殊情况与处理

1. 综合计算周期内工时未超标准：

   • 即使综合计算周期内总工时未超标，法定节假日加班仍需按300%支付加班工资。这是因为法定节假日是员工的休息日，用人单位安排员工工作，应当给予更高的工资报酬。

2. 综合计算周期内工时超过标准：

   • 对于超过法定标准工作时间的部分，应按不低于小时工资的150%支付加班工资。但这与法定节假日的三倍工资是分开的，不能混淆。

五、实际操作中的注意事项

1. 地区与行业差异：

   • 具体计算方式可能因地区、行业及企业规定而有所不同。因此，在实际操作中，建议参考当地劳动法规和企业规章制度，以确保加班工资的准确计算与及时支付。

2. 记录与证明：

   • 用人单位应准确记录员工的加班时间，并提供相应的加班证明。这是确保加班工资合法支付的重要依据，也是员工维护自身权益的有效手段。

3. 员工权益保护：

   • 如果用人单位未按照法律规定支付三倍工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

总结与建议： 在综合工时制下，员工在法定节假日工作是有权获得三倍工资的。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保加班工资的准确计算与及时支付。如果员工遇到用人单位未支付三倍工资的情况，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。