综合工时制下，三倍工资是指额外支付的三倍工资，而非包括底薪在内的整体工资的三倍。以下是详细解释：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定明确了在法定节假日加班时，劳动者应获得的加班费标准。

二、计算方式

1. 日工资计算：

   • 日工资 = 月工资收入 ÷ 月计薪天数（通常为21.75天）。
   • 这里的月工资收入是指劳动者在正常工作时间内应获得的全部劳动报酬，包括基本工资、岗位工资、绩效工资等相对固定的收入部分。

2. 三倍工资（加班费）计算：

   • 在法定节假日加班的情况下，用人单位应额外支付不低于劳动者日或小时工资百分之三百的工资报酬。
   • 这意味着，如果劳动者的日工资是100元，那么在法定节假日加班时，他应得到的加班费是300元（100元×3）。这300元是额外的加班费，不包含他原本应得的日工资100元。
   • 因此，在法定节假日工作一天，劳动者总共应得到的工资是原本的日工资加上三倍的加班费，即400元。

三、特别说明

• “三倍工资”的误解：有些劳动者可能误以为“三倍工资”是在原本工资基础上再额外支付三倍的工资，这是不正确的。实际上，“三倍工资”是指加班费总额是正常工作时间工资的3倍，这个费用已经包含了原本的工资部分（但计算时通常以日工资或小时工资为基数，额外支付两倍的工资作为加班补偿，加上原本应得的工资，共三倍）。不过，从劳动者实际收入的角度来看，可以理解为在法定节假日工作一天，总收入是正常工作日的四倍（因为原本应得的工资已经包含在内，而加班费是额外支付的三倍中的两倍部分，加上原本工资共三倍表述的是总额与正常工资的比例关系，实际收入为日工资的四倍，即日工资+三倍加班费中的两倍额外支付）。但更准确的理解是，用人单位需支付劳动者当天的正常工资，并额外支付两倍的工资作为加班补偿，合计为三倍日工资标准的报酬。
• 劳动合同约定：如果劳动合同中有明确约定三倍工资的计算基数，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照合同约定进行计算。但通常情况下，计算基数应为劳动者正常工作时间内的全部劳动报酬。
• 地区差异：不同地区对于三倍工资的具体计算方式可能存在细微差异，具体应以当地的法律法规和相关政策为准。但总体上，都应遵循《中华人民共和国劳动法》的基本原则。

四、实际案例

假设某劳动者的月工资收入为5000元，月计薪天数为21.75天，则其日工资约为229.89元（5000元 ÷ 21.75天）。在法定节假日加班时，他应得到的加班费为689.67元（229.89元×3）。因此，他当天总共应得到的工资为919.56元（原本的日工资229.89元 + 三倍的加班费689.67元中的额外支付部分，实际总收入为日工资的四倍概念中的三倍报酬标准，即按日工资三倍计算的总报酬）。

总结：综合工时制下，三倍工资是指额外支付的三倍工资作为加班费，不包含劳动者原本应得的日工资（但计算总额时以日工资为基数，额外支付两倍，加上原本工资共三倍报酬标准）。用人单位应严格按照这一规定执行，以保障劳动者的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。