综合工时制下每次三倍调休是否合理，不能一概而论，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：

合法性角度

• 综合工时制规定：综合计算工时工作制是针对因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业的部分职工，采用的以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付延长工作时间的劳动报酬。
• 调休与加班费：在综合工时制下，如果员工在法定节假日工作，用人单位应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬，且一般不能通过调休来替代。对于超出综合计算周期法定标准工作时间的部分，用人单位应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬，这部分时间是否可以通过调休来补偿，需看双方劳动合同或用人单位规章制度的约定，但法定节假日的工作时间不能调休。因此，如果所谓的“三倍调休”是指将法定节假日的工作时间通过调休来补偿，这是不合法的；如果是指超出综合计算周期法定标准工作时间的部分，在符合规定且双方有约定的情况下，调休可能是合理的，但“三倍”的说法并不准确，通常只是正常工作时间或支付相应加班费。

合理性角度

• 员工权益保障：从员工权益保障的角度来看，用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，避免员工过度劳累。如果综合工时制下的调休安排使得员工长期无法得到充分的休息，那么这种调休安排就是不合理的。
• 用人单位经营需求：用人单位在安排综合工时制和调休时，也需要考虑自身的经营需求。如果因为调休安排导致生产经营受到影响，那么用人单位可能需要调整调休方案。但无论如何调整，都不能违反法律法规的规定，侵害员工的合法权益。

实际操作建议

• 查看劳动合同和规章制度：员工应仔细查看自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解综合工时制下的工作时间、加班费支付和调休安排等具体规定。
• 与用人单位协商：如果员工对调休安排有异议，可以与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
• 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。

综合工时制下每次三倍调休是否合理，需根据具体情况判断。如果涉及法定节假日的工作时间调休，则肯定不合理且不合法；如果涉及超出综合计算周期法定标准工作时间的部分调休，则需看双方约定和实际情况。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。