综合工时制下，节假日加班确实需要支付不低于工资的百分之三百的加班工资，且不能用补休代替。以下是对这一问题的详细分析：

一、综合工时制下的节假日加班工资规定

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，用人单位应支付不低于工资的00%的工资报酬。这一规定同样适用于实行综合计算工时工作制的职工。也就是说，无论综合计算周期内的总实际工作时间是否超过法定标准工作时间，只要在法定节假日工作，就应当按照不低于工资的百分之三百支付加班工资。

二、加班工资的计算方法

1. 计算基数：加班工资的计算基数通常为劳动者所在岗位相对应的正常出勤月工资，不包括年终奖、上下班交通补贴、工作餐补贴、住房补贴、中夜班津贴、夏季高温津贴、加班工资等特殊情况下支付的工资。

2. 计算公式：法定节假日加班工资的具体计算公式为：法定节假日加班工资 = 加班工资基数 ÷ 21.75 × 天数 × 300%。其中，21.75天是每月的平均计薪天数，天数则是指实际在法定节假日工作的天数。

三、特殊情况下的处理

• 综合计算周期内的总实际工作时间未超过法定标准工作时间：即使如此，只要在法定节假日工作，就应当按照上述规定支付加班工资。
• 综合计算周期内的总实际工作时间超过法定标准工作时间：超过部分应视为延长工作时间，并按规定支付延长工作时间的工资（即不低于工资的百分之一百五十的工资报酬）。但这并不影响法定节假日加班工资的支付。

四、劳动者的权益保护

• 保留证据：劳动者应保留好加班的相关证据，如考勤记录、工作安排通知等，以便在权益受到侵害时依法维权。
• 维权途径：如果用人单位不按规定支付加班工资，劳动者可以通过劳动争议仲裁或诉讼等途径来维护自身合法权益。

五、举例说明

假设某职工的正常月工资为5000元，其在国庆节（法定节假日）工作了3天。那么，其应得的法定节假日加班工资计算如下：

• 加班工资基数：5000元
• 每月计薪天数：21.75天
• 法定节假日加班工资 = 5000 ÷ 21.75 × 3 × 300% ≈ 2068.97元

因此，该职工在国庆节工作3天应得的加班工资约为2068.97元。

综上所述，综合工时制下节假日加班确实需要支付三倍工资，且这一规定具有强制性，用人单位必须严格遵守。如果您在综合工时制或节假日加班工资方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。