结论前置：在综合工时制下，法定节假日加班的3倍工资是包含原本工资的。这一结论主要基于《中华人民共和国劳动法》的相关规定，并考虑了法律实践与普遍理解。

详细分析

一、法定节假日加班的3倍工资构成

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第三项的规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”指的是劳动者正常工作时间下的工资，即底薪或基本工资部分。因此，在法定节假日加班时，用人单位支付的3倍工资实际上是由两部分组成：一部分是劳动者原本在该工作日应得的正常工资（即底薪折算到该日的部分），另一部分是因加班而额外支付的2倍报酬。

举例说明： 假设某劳动者月工资为3000元，每月计薪天数按21.75天计算，其日工资约为137.93元。若该劳动者在法定节假日加班一天，则用人单位应支付的加班工资计算方式如下：

• 原本工资：137.93元
• 额外加班工资：137.93元 * 2 = 275.86元
• 总加班工资：137.93元 + 275.86元 = 413.79元

由此可见，用人单位支付的413.79元加班工资中，已经包含了劳动者原本应得的137.93元工资。

二、特殊约定或地方性规定的影响

虽然通常情况下，法定节假日加班的3倍工资包含底薪，但在某些特殊情况下，如劳动合同、集体合同或用人单位规章制度中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定时，3倍工资的计算方式可能有所不同。如果约定中明确指出3倍工资不包含底薪，并且这一约定是双方真实意思的表示，劳动者对此也知晓并认可，那么则应按照约定执行。不过，这种情况相对较少见，且需要严格的法律程序和证据支持。

三、实际操作建议

1. 查看劳动合同：劳动者在计算自己的加班工资时，应首先查看自己的劳动合同，了解其中关于加班工资的计算方式和约定。
2. 咨询HR部门：如果对劳动合同中的条款有疑问或不清楚如何计算加班工资，可以咨询公司的HR部门或相关负责人。
3. 保留证据：在加班时，劳动者应保留好相关的加班证据，如加班通知、考勤记录等，以便在需要时维护自己的权益。
4. 及时维权：如果发现用人单位未按照法律规定支付加班工资，劳动者可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

总结

在综合工时制下，法定节假日加班的3倍工资是包含原本工资的。这一结论基于《中华人民共和国劳动法》的相关规定，并考虑了法律实践与普遍理解。然而，在实际操作中，劳动者仍需关注劳动合同中的具体约定和公司的相关政策，以确保自己的权益得到妥善保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。