综合工时制下加班调休的合法性需结合具体情况判断，以下是从不同角度的详细分析：
综合计算工时制的基本规定
- 综合计算工时制是指因工作性质特殊、自然条件等限制，需在一段时间内连续作业，采取以月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在这种制度下，加班调休的合法性主要取决于总实际工作时间是否超过法定标准。
加班调休的合法性判断
- 在综合计算周期内，若总实际工作时间未超过法定标准，则不存在加班问题，也就不涉及调休。
- 若总实际工作时间超过法定标准，则超时部分视为延长工作时间，用人单位应支付加班费，而不是简单地通过调休来替代。不过，在非法定节假日的加班，且双方协商一致的情况下，可以安排调休，但调休的具体安排应符合法律法规的规定。
- 值得注意的是，即使在综合计算工时制下，法定休假日的加班也是不能通过调休来替代的，用人单位必须支付不低于工资的300%作为加班费。
双方约定的作用
- 根据《劳动法》，如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了加班可以换算为调休，并且这种换算方式不违反法律法规的强制性规定，那么这种做法在双方协商一致的情况下是合法的。但约定不能违反法定休假日加班必须支付加班费的规定。
实际操作建议
- 明确约定：用人单位和劳动者在签订劳动合同时，应明确约定加班和调休的相关事宜，包括适用哪种工时制度、加班费的支付方式、调休的具体安排等，以避免后续纠纷。
- 遵守法规：双方都应严格遵守相关法律法规的规定，确保加班和调休的合法性，维护劳动关系的和谐稳定。特别是在处理法定休假日的加班问题时，用人单位必须依法支付加班费，不能通过调休来替代。
综上所述，综合工时制下加班调休的合法性需结合总实际工作时间、双方约定以及法律法规的规定来综合判断。在实际操作中，建议用人单位和劳动者遵循上述建议，以确保加班和调休的合理安排和合法性。如有任何法律问题，可以直接向我咨询。