综合工时制下，休息日工作未支付2倍工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若综合工时制已依法审批，且休息日工作未超出总法定标准工作时间：

   • 在这种情况下，用人单位无需支付2倍工资。综合工时制允许用人单位在保障劳动者身体健康并充分听取劳动者意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者的休息休假权利和生产、工作任务的完成。因此，只要劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间未超过总法定标准工作时间，即使休息日工作，也不视为加班，用人单位无需支付加班费。

2. 若综合工时制已依法审批，但休息日工作超出总法定标准工作时间：

   • 在这种情况下，用人单位需支付1.5倍工资，而非2倍。根据《工资支付暂行规定》第十三条，实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超出部分应视为延长工作时间，并按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者工资。

3. 若综合工时制未经依法审批：

   • 在这种情况下，用人单位需支付2倍工资。因为未经审批的综合工时制不具有法律效力，用人单位仍需按照标准工时制的规定支付加班费。即休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。

法律建议：

• 对于劳动者而言，应了解自己所在岗位是否实行综合工时制，并确认该制度是否已依法审批。若发现用人单位未依法支付加班费，可向当地劳动保障监察机构投诉或申请劳动仲裁。
• 对于用人单位而言，应确保综合工时制的审批手续完备，并严格按照规定执行。在安排劳动者休息日工作时，应合理计算总工作时间，避免超出法定标准，从而避免支付高额加班费的风险。

可能后果：

• 若用人单位未依法支付加班费，可能面临劳动保障监察机构的处罚，包括责令限期支付加班费、加付赔偿金等。
• 劳动者也有权因此解除劳动合同，并要求用人单位支付经济补偿金。

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