针对您提出的问题，即“劳动合同中没有约定加班费计算基数，而劳动者实际发放工资高于劳动合同约定工资时，加班费应如何计算”，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律依据与核心原则
首先，我们需要明确的是，虽然《劳动合同法》第二十九条规定了用人单位与劳动者应按照劳动合同的约定全面履行义务，但在实际操作中，不能机械地将劳动合同作为双方全面履行的唯一依据。当劳动合同未明确约定加班费计算基数时，我们应依据相关法律法规，结合实际情况，合理确定加班费的计算方式。
二、加班费计算基数的确定
有约定从约定：
- 如果劳动合同中已经明确约定了加班费的计算基数，并且该约定不违反法律法规，那么应按照约定执行。
无约定或约定不明确：
- 当劳动合同未约定加班费计算基数，或者约定不明确时，我们应以劳动者正常工作时间应得的工资为基础进行合理确定。
- 具体来说，如果劳动者能举证证明双方实际执行的工资标准高于劳动合同的约定，那么应当认定双方以实际履行的方式协商一致变更了劳动合同关于工资标准的约定。在这种情况下，应以实际发放的工资标准作为计算加班费的基数。
- 实际发放的工资通常包括基本工资、奖金、津贴等货币性收入，但应排除非常规性收入，如一次性奖金、福利等。同时，如果劳动者工资低于当地最低工资标准的，应以最低工资标准为计算基数。
三、加班费的具体计算方法
计时工资制：
- 以实际发放的月工资标准（或约定工资标准，如果高于实际发放的基本工资但低于整体实际工资，且更合理时）除以月计薪天数（21.75天），得出日工资标准。
- 再将日工资标准除以8小时，得出小时工资标准。
- 平时加班按小时工资标准的150%计算加班费，周末加班按200%计算，法定节假日加班按300%计算。
计件工资制：
- 如果劳动者实行计件工资制，完成计件定额任务后由用人单位安排延长工作时间的，应以法定工作时间计件单价为基础，分别按照不低于150%、200%、300%的标准支付加班工资。
四、合法性与合理性考量
- 用人单位在制定加班费计算基数时，必须确保符合法律法规要求，避免侵犯劳动者权益。如果用人单位以低于实际工资的标准计算加班费，劳动者有权通过协商、投诉或仲裁等方式维护自己的合法权益。
- 建议用人单位与劳动者通过协商，根据岗位性质和工作内容合理确定加班工资基数，并保持其随工资水平变化的及时调整，以确保加班费的计算更加公平合理。
五、劳动者的维权途径
- 如果发现加班费计算有误或不符合法律法规要求，劳动者首先应与用人单位进行协商，要求调整至法律规定标准。
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以法律手段维护自身权益。
综上所述，当劳动合同中没有约定加班费计算基数，而劳动者实际发放工资高于劳动合同约定工资时，应以实际发放的工资标准（排除非常规性收入后）作为计算加班费的基数。同时，用人单位应确保计算基数的合法性和合理性，劳动者也需了解自身权益，必要时采取适当措施维权。