当劳动合同约定的工资与实发工资不一致，且实发工资更高时，加班基数的计算通常遵循以下原则：
以实际发放的工资为准：
- 在大多数情况下，如果实发工资高于劳动合同约定的工资，且这种差异是持续且稳定的，那么加班基数应当按照实际发放的工资来计算。这是因为加班费是基于劳动者实际提供的劳动来支付的，而实际发放的工资更准确地反映了劳动者的劳动价值。
- 法律依据：虽然具体的法律条文可能并未直接规定“以实发工资为准”，但根据《劳动法》和《劳动合同法》中关于加班费支付的原则，即加班费应当按照劳动者正常工作时间工资的一定比例支付，这里的“正常工作时间工资”可以理解为劳动者实际获得的工资。
考虑劳动合同的约定与实际情况的差异：
- 如果劳动合同中明确约定了加班基数的计算方式，但实发工资与约定工资存在差异，且这种差异是由于用人单位的原因（如未按时足额支付工资、奖金、津贴等）导致的，那么劳动者有权要求按照实际发放的工资来计算加班基数。
- 实际操作：在这种情况下，劳动者可以与用人单位协商，要求调整加班基数的计算方式。如果协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
特殊情况下的处理：
- 如果实发工资高于约定工资是由于临时性的奖金、津贴或补贴等导致的，且这些奖金、津贴或补贴并不构成劳动者正常工资的一部分，那么在计算加班基数时，可能需要根据具体情况进行剔除或调整。
- 判断标准：这通常取决于这些奖金、津贴或补贴的性质、发放频率以及是否与劳动者的工作表现直接相关等因素。
法律建议：
- 保留证据：劳动者应当保留好与工资发放相关的所有证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生争议时能够证明自己的实际工资水平。
- 及时沟通：如果发现实发工资与劳动合同约定的工资存在差异，劳动者应当及时与用人单位沟通，了解差异的原因，并要求用人单位按照实际发放的工资来计算加班基数。
- 寻求法律援助：如果与用人单位协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在必要时，也可以寻求专业律师的法律援助。
示例说明：
假设劳动者与用人单位在劳动合同中约定的工资为每月5000元，但实际上用人单位每月向劳动者支付6000元（包括基本工资5000元和奖金1000元）。在这种情况下，如果劳动者需要计算加班费，那么加班基数应当按照实际发放的6000元来计算，而不是按照劳动合同约定的5000元来计算。
总结：当劳动合同约定的工资与实发工资不一致时，加班基数的计算应当以实际发放的工资为准，但也需要考虑劳动合同的约定与实际情况的差异以及特殊情况下的处理。劳动者应当保留好相关证据，及时与用人单位沟通，并在必要时寻求法律援助。