结论：劳动合同约定的加班基数是基本工资，法定按基本工资三倍核算加班工资，这一做法是否合理需分情况讨论。具体分析如下：

一、有明确约定的情况

1. 约定合法性：若劳动合同中明确约定了加班工资的计算基数为基本工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准），则该约定是有效的。在这种情况下，按照基本工资的三倍核算加班工资是合理的。

2. 约定内容：劳动合同中的约定应当明确、具体，包括加班工资的计算基数、计算方式等。如果约定模糊或存在歧义，可能引发争议。此时，需要依据相关法律法规和劳动合同的整体内容来解释和确定加班工资的计算方式。

二、无明确约定的情况

1. 法定标准：根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这里的“工资”并非特指基本工资，而是指劳动者正常出勤情况下应得的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等在内的所有工资性收入。

2. 计算基数确定：

   • 若劳动合同没有明确约定加班工资的计算基数，则通常以劳动者正常出勤情况下应得的工资作为计算基数。
   • 在实际操作中，如果劳动者和用人单位对计算基数存在争议，可以依据相关法律法规和劳动合同的整体内容，结合劳动者的实际工资性收入来确定。

三、具体计算方法与示例

1. 计算方法：

   • 月工资基数需根据劳动合同约定或实际工资性收入确定后，再除以月计薪天数（通常为21.75天），得出日工资标准。
   • 日工资标准乘以300%，即为法定节假日加班一天的工资报酬。

2. 示例说明：

   • 假设小李的月工资构成包括基本工资4000元、岗位津贴1000元、绩效奖金1500元，共计6500元。
     • 若劳动合同约定以基本工资为加班工资计算基数，则小李的法定节假日加班工资为：\(4000 \div 21.75 \times 300\% \approx 551.72\)（元）。
     • 若劳动合同没有约定，以正常出勤情况下的工资总额作为计算基数，则小李的法定节假日加班工资为：\(6500 \div 21.75 \times 300\% \approx 896.55\)（元）。

四、法律建议

1. 审查劳动合同：劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同中关于加班工资计算基数的约定，确保自己的权益得到保障。

2. 保留证据：劳动者应保留好与工资相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生争议时能够证明自己的实际工资性收入。

3. 及时咨询：如果劳动者对加班工资的计算方式存在疑问或争议，应及时向用人单位提出，并咨询专业律师的意见，以维护自己的合法权益。

总结：劳动合同约定的加班基数是基本工资，法定按基本工资三倍核算加班工资是否合理，取决于劳动合同中是否有明确约定以及该约定是否合法。在无明确约定的情况下，应以劳动者正常出勤情况下应得的工资作为计算基数。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。