当劳动合同约定的工资与实发工资不一致时，加班费的计算确实需要综合考虑多个因素。以下是一个详细且清晰的解答，希望能帮助您更好地理解这个问题：

一、加班费计算基数的确定

1. 基本原则：

   • 加班费的计算基数原则上应以劳动合同中约定的工资标准为准。这是《劳动法》及劳动部《工资支付暂行规定》中的明确要求。
   • 若劳动合同未明确约定工资标准，或实际发放工资与合同约定不一致（且不低于当地最低工资标准），则应以实际发放工资作为加班费的计算基数。

2. 实际应用：

   • 在实际操作中，应首先确认劳动者的月工资标准。这个标准通常指的是劳动合同中规定的岗位（职位）对应的工资。
   • 如果实际发放的工资与合同约定不一致，且这种不一致是长期且稳定的（例如，连续数月或数年都按同一标准发放），且不低于当地最低工资标准，那么可以认为双方已经以实际行为变更了合同内容，此时应以实际发放工资为加班费的计算基数。

二、加班费的具体计算方式

加班费的计算方式取决于加班的类型（平日、周末、法定节假日）以及加班费的计算基数。以下是具体的计算公式和实例说明：

1. 平日加班：

   • 计算公式：小时加班工资 = 月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 150%
   • 实例说明：假设某员工月工资为6000元（实际发放），工作日加班4小时，则加班工资为6000÷21.75÷8×4×1.5=205.7元。

2. 周末加班：

   • 计算公式：若不能安排补休，小时加班工资 = 月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 200%
   • 实例说明：假设某员工月工资为6000元（实际发放），休息日加班4小时，则加班工资为6000÷21.75÷8×4×2=274.3元。

3. 法定节假日加班：

   • 计算公式：小时加班工资 = 月工资标准 ÷（月计薪天数21.75×8小时）× 300%
   • 实例说明：假设某员工月工资为6000元（实际发放），法定节假日加班3小时，则加班工资为6000÷21.75÷8×3×3=316.1元。

三、注意事项

1. 加班时间限制：

   • 用人单位因生产经营需要延长工作时间，应与工会和劳动者协商，并遵守加班时间限制。一般每日不得超过1小时；特殊情况下每日不得超过3小时，每月累计不得超过36小时。

2. 劳动者权益保护：

   • 用人单位不得强制劳动者加班。若违反规定或未支付加班费，劳动者有权拒绝，并可通过收集考勤记录、工资条等证据，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁维护自身合法权益。

3. 地区差异：

   • 各地在具体执行中可能存在细微差异。劳动者应关注当地相关法规政策，确保自身权益得到充分保障。

4. 证据收集与维权：

   • 如果发现劳动合同约定的工资与实发工资不一致，且影响加班费计算，劳动者应及时收集相关证据（如劳动合同、工资条、银行流水等），并与用人单位进行协商。
   • 若协商无果，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张工资差额及加班费等权益。

综上所述，当劳动合同约定的工资与实发工资不一致时，加班费的计算需综合考虑工资基数、加班类型及加班时长等多个因素。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取合法手段维护自身权益。