当您发现实际工资与合同工资不一致，特别是涉及到加班工资的计算问题时，这确实是一个需要仔细处理的情况。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、确认薪资差异与加班工资情况
首先，您需要仔细核对工资条和银行流水，确认实际收到的薪资（包括加班工资）确实与劳动合同中约定的薪资不符。加班工资的计算通常基于您的基础工资和加班时长，因此，如果基础工资在合同中有明确约定，但实际发放时有所差异，这将直接影响加班工资的计算。
二、主动与公司沟通
了解差异原因：友好地向公司的人力资源部门或上级领导提出薪资差异的疑问，特别是加班工资的计算方式。询问差异的具体原因，可能是财务计算失误、薪资结构调整、加班政策变动等。
要求合理解释：如果公司给出的解释不合理或无法令人信服，您可以进一步要求公司提供详细的薪资计算依据和加班工资的计算方法。
三、审查劳动合同与相关法规
详细审查合同条款：仔细阅读劳动合同中关于薪资和加班工资的条款，包括基础工资、加班工资的计算基数、加班时长的认定等。确保您对合同中的规定有清晰的理解。
对照法律法规：根据《劳动法》和《劳动合同法》等相关法律法规，加班工资的计算应基于您的基础工资，并按照法定比例支付。如果公司未按照合同或法律规定支付加班工资，您有权要求公司补发。
四、采取合法措施维护权益
正式协商：如果沟通无果或差异不合理，您可以与公司进行正式的协商，明确提出按照合同和法律规定支付加班工资的要求。在协商过程中，保持冷静和理性，避免情绪化的行为或言辞。
收集证据：在协商的同时，收集和保留好所有相关证据，如劳动合同、工资条、银行流水、考勤记录、加班通知等。这些证据将有助于您在后续的维权过程中证明自己的主张。
向劳动监察部门投诉：如果协商未能解决问题，您可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时需准备充分的证据，并详细说明情况。劳动监察部门将依法进行调查，并责令公司改正违法行为。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理未能满足您的诉求，或者您希望通过更具法律效力的途径解决争议，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，您需要充分阐述事实和理由，并提供有力证据支持自己的主张。
五、注意事项
在整个过程中，务必注意保留证据、了解法律程序，并保持冷静与理性。避免因为情绪化的行为或言辞而对自己的维权过程产生不利影响。同时，也要考虑到与公司保持良好关系的重要性，尽量通过友好协商的方式解决问题。
希望以上解答和建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。