核心结论：加班费的计算基数原则上应按照劳动合同约定的工资标准确定，但若实际工资高于约定工资且能证明实际发放情况，可能以实际工资作为计算基数。具体到本问题，存在两种计算方式，需结合实际情况判断。以下是详细分析：

1. 以合同工资3000元为基数计算加班费

• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十三条，加班费的计算基数一般以劳动合同约定的工资标准为准。若合同明确约定工资为3000元，且无其他补充协议或证据证明实际工资构成，则加班费应以此为基数。
• 计算方式：
  • 工作日加班：3000元÷21.75天÷8小时×1.5倍×加班小时数；
  • 休息日加班：3000元÷21.75天×2倍×加班天数；
  • 法定节假日加班：3000元÷21.75天×3倍×加班天数。
• 适用场景：适用于单位与劳动者未明确约定加班费计算基数，或劳动者无法证明实际工资高于合同工资的情况。

2. 以实际工资6000元为基数计算加班费

• 法律依据：若劳动者能证明实际工资构成（如银行流水、工资条、单位书面确认等），且实际工资中包含固定奖金、津贴等稳定收入，部分地区法院可能支持以实际工资作为加班费计算基数。例如，《北京市工资支付规定》第四十条明确，加班费计算基数可按劳动者实际工资收入确定，但不得低于当地最低工资标准。
• 计算方式：
  • 工作日加班：6000元÷21.75天÷8小时×1.5倍×加班小时数；
  • 休息日加班：6000元÷21.75天×2倍×加班天数；
  • 法定节假日加班：6000元÷21.75天×3倍×加班天数。
• 适用场景：适用于劳动者能提供充分证据证明实际工资为6000元，且单位未在合同中明确排除实际工资作为计算基数的情况。

3. 关键注意事项

• 证据保留：若主张以实际工资计算加班费，需保留工资条、银行流水、单位书面确认等证据，证明实际工资构成及发放情况。
• 地区差异：部分地区（如上海、广东）可能明确规定加班费计算基数为“正常工作时间工资”，即扣除奖金、津贴后的固定工资，需结合当地规定判断。
• 最低工资标准：无论以合同工资还是实际工资为基数，加班费计算结果均不得低于当地最低工资标准对应的加班费金额。

建议：若您能证明实际工资为6000元，可要求单位按实际工资计算加班费；若单位拒绝，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，并提交相关证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。