关于劳动合同中加班费计算基数的合法规定，这是一个涉及劳动者切身利益的重要问题，其法律依据主要来源于《中华人民共和国劳动法》、《关于工资总额组成的规定》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规。以下是对这一问题的详细解答：
一、加班费计算基数的法律依据
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：
- 该条款明确规定了加班工资的计算标准，即根据延长工作时间、休息日加班和法定休假日加班的不同情况，用人单位应支付不低于工资150%、200%和300%的工资报酬。这奠定了加班工资与“工资”的倍数关系基础，是计算加班费的基本法律依据。
《关于工资总额组成的规定》第四条：
- 该条款明确了工资总额的构成，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等。这为界定加班工资计算基数的范围提供了重要参考，即加班工资的计算基数应涵盖劳动者正常工作时间内应得的全部工资性收入。
《工资支付暂行规定》第十三条：
- 该条款进一步细化了加班工资的计算方式，强调劳动合同规定的劳动者本人工资标准是加班工资计算的重要基数依据。同时，也规定了在不同工时制度下加班工资的具体计算方法。
二、加班费计算基数的确定原则
劳动合同约定优先：
- 若劳动合同对月工资有明确约定，且该约定不低于当地最低工资标准，则以此作为加班工资计算基数。这是尊重双方意思自治、保障劳动者权益的重要体现。
实际发放工资为参考：
- 若劳动合同未明确约定或约定不明确，应以实际发放的工资（不包括奖金、津贴等额外报酬，但应包括基本工资、岗位工资等固定性收入）作为计算基数。这确保了加班工资的计算与劳动者实际收入水平相匹配。
最低工资标准为底线：
- 若劳动者的工资低于当地最低工资标准，则应以当地最低工资标准作为加班工资计算基数。这是保障劳动者基本生活需求、维护社会公平正义的必要措施。
三、特殊情况下的加班费计算基数
计件工资：
- 对于实行计件工资的劳动者，加班工资计算基数为法定工作时间内的计件单价。这确保了计件工资劳动者在加班时也能获得合理的报酬。
综合计算工时工作制：
- 在综合计算周期内，若总实际工作时间超过总法定标准工作时间，视为延长工作时间。此时，加班工资计算基数可以是综合周期内的月平均工资。这适应了某些行业或岗位的工作特点，保障了劳动者的合法权益。
四、地方法规与司法实践
各地根据上述法律法规，结合本地实际情况制定了更为具体的规定。例如，有的地方规定劳动合同对加班工资计算基数有明确约定的，从其约定，但不得低于当地最低工资标准；没有约定的，按照正常出勤月工资的70%（或具体比例）确定，但同样不得低于当地最低工资标准。因此，在实际操作中，还需参考当地的具体规定。
五、总结与建议
加班费计算基数的确定是一个复杂而细致的过程，需综合考虑劳动合同、实际发放工资、最低工资标准以及地方法规等多重因素。为确保劳动者的合法权益不受侵害，建议用人单位在制定劳动合同和薪酬制度时，明确加班工资计算基数的约定，并严格遵守相关法律法规的规定。同时，劳动者也应了解自己的权益，如遇到加班工资计算不合理的情况，应及时向相关部门投诉或寻求法律援助。