劳动合同中规定加班费按基本工资计算，这一做法的合法性需分情况讨论：

1. 若基本工资不低于当地最低工资标准，且劳动合同明确约定加班费计算基数为基本工资：

   • 合法性分析：根据《劳动法》及相关规定，加班费的计算基数通常应为劳动者正常工作时间下的工资报酬。若劳动合同中明确约定加班费以基本工资为计算基数，且该基本工资不低于当地最低工资标准，这一约定在法律上是被允许的。因为劳动合同是双方自愿达成的协议，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，即具有法律效力。
   • 实际操作建议：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费计算的部分。如果合同中有明确约定，且自己认可这一约定，那么在加班时就可以按照合同约定的方式计算加班费。

2. 若基本工资低于当地最低工资标准，或劳动合同未明确约定加班费计算基数：

   • 合法性分析：如果基本工资低于当地最低工资标准，那么以基本工资为计算基数的加班费显然是不合法的，因为这违反了最低工资标准的强制性规定。另外，如果劳动合同中未明确约定加班费的计算基数，那么根据相关法律规定，加班费通常应以劳动者正常工作时间下的工资报酬为计算基数，这可能包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入。
   • 实际操作建议：在这种情况下，劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。如果用人单位拒绝支付或支付不足，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

额外提醒：

• 合同条款的明确性：劳动合同中的条款应当明确、具体，避免使用模糊或歧义的语言。对于加班费的计算基数、计算方式等关键条款，更应做到清晰无误。
• 劳动者的权益保护：劳动者在签订劳动合同时，应充分了解自己的权益和义务，对于不合理的合同条款要敢于提出异议并寻求修改。同时，在加班时也要保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。

总结：劳动合同中规定加班费按基本工资计算是否合法，取决于基本工资是否不低于当地最低工资标准以及劳动合同中是否有明确约定。如果基本工资合法且合同有明确约定，则这一做法是合法的；否则，劳动者有权要求用人单位按照法律规定支付加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。