针对您提出的“公司规章制度明确超过工作时间需申请审批后才算加班是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
首先，要明确的是，公司在规章制度或劳动合同中规定加班必须提交申请且审批后才算加班，这一规定本身并不违法。这一结论主要基于以下几点分析：
一、法律规定与合同约定
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间（即加班），应当支付高于正常工作时间工资的工资报酬。
- 法律并未强制要求所有加班都必须经过书面申请和审批程序，但鼓励用人单位建立健全加班管理制度，以保障劳动者的合法权益。
合同约定：
- 劳动合同是用人单位与劳动者之间就劳动条件、劳动报酬等事项达成的协议。
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了加班必须提交申请且审批后才算加班，那么这一规定对双方具有约束力，劳动者应遵守。
二、公司规定的合理性
管理需要：
- 公司制定加班申请和审批制度，有助于规范加班行为，防止随意加班和滥用加班的情况。
- 通过审批程序，公司可以合理安排工作任务，避免不必要的加班，从而提高工作效率。
证据留存：
- 加班申请和审批记录可以作为证明劳动者加班事实的重要证据。
- 在发生劳动争议时，这些记录有助于维护公司和劳动者的合法权益。
三、特殊情况下的处理
紧急任务或突发事件：
- 如果因紧急任务或突发事件需要立即加班，而无法及时提交加班申请，劳动者应事后尽快补办相关手续。
- 公司也应根据实际情况灵活处理，确保劳动者的合法权益得到保障。
未经批准的加班：
- 如果劳动者未经批准自行加班，且公司未予认可，那么这部分加班时间可能不被视为有效加班时间。
- 因此，劳动者在加班前应严格遵守公司的加班申请和审批制度，以避免不必要的纠纷。
综上所述，公司规章制度中明确超过工作时间需申请审批后才算加班的规定，并不违反法律规定。这一规定有助于公司规范加班行为、提高工作效率，并保障劳动者的合法权益。当然，在特殊情况下，如紧急任务或突发事件，公司应灵活处理，确保劳动者的权益不受损害。