员工加班公司要求申请经公司批准才算加班费，这一做法在某些情况下可能不合法。具体分析如下：

1. 法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，并需遵守每日和每月的加班时间限制。这表明，加班需经协商，但并未明确规定必须经公司批准才算加班。
   • 《劳动法》第四十四条则明确了加班费的支付标准，只要符合加班的条件，用人单位就应当支付相应的加班费。

2. 实际案例解读：

   • 有案例表明，即使员工按照公司规定提交了加班申请单，但公司未实际履行审批手续，员工在标准工作时间之外的加班仍被认定为有效，且公司需支付加班费。这表明，公司未审批不影响加班事实的认定和加班费的支付。

3. 公司规章制度与劳动合同：

   • 公司规章制度或劳动合同中可能规定“加班必须经过审批否则不计算加班费”，但这样的规定是否合法有效存在争议。
   • 如果该规定未违反法律、行政法规及政策规定，且已向劳动者公示或告知，劳动者无异议的，可能作为裁判的依据。但若该规定明显免除用人单位法定责任、排除劳动者权利的，则可能被视为无效。

4. 综合判断：

   • 因此，判断公司要求申请经公司批准才算加班费是否合法，需综合考虑法律法规、公司规章制度、劳动合同以及实际加班情况等多个因素。
   • 如果公司规章制度或劳动合同中的相关规定与法律法规相冲突，或存在明显不合理的情形，那么这些规定可能无效，公司仍需支付员工加班费。

综上所述，公司要求申请经公司批准才算加班费的做法并非绝对合法，需根据具体情况进行综合判断。如果你在这方面有进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。