公司称没有加班申请不算加班，这一说法是否合法需根据具体情况综合判断，关键在于加班的事实与性质，并非单纯取决于是否提交了加班申请。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公司规章制度的影响
明确规定的情形：
- 如果公司的规章制度明确规定，员工加班必须提前填写申请单并获得批准，那么未填写申请单的加班可能不被视为有效加班。但这一规定需符合法律法规的要求，不能成为公司逃避支付加班费责任的手段。
- 在这种情况下，员工应严格遵守公司规定，确保加班的合法性和有效性。同时，公司也应确保规章制度的合法性和合理性，避免侵犯员工的合法权益。
未明确规定的情形：
- 如果公司没有明确规定加班必须填写申请单，或者规定不够明确具体，那么员工未填写申请单的加班仍有可能被视为有效加班。
- 此时，关键在于证明加班事实的存在，如通过考勤记录、工作成果、同事证言等方式。员工应保留好这些证据，以备不时之需。
二、实际情况的考量
加班事实的认定：
- 无论是否填写申请单，只要员工确实在法定工作时间之外提供了劳动，且该劳动是公司安排的或与公司业务相关，就应被认定为加班。
- 例如，员工在紧急项目期间主动延长工作时间以完成任务，即使未填写申请单，也应视为加班。公司不能以未填写申请单为由拒绝支付加班费。
用人单位的知情与默认：
- 即使未提交加班申请，但若用人单位知道或应当知道员工在额外工作，且未提出反对意见，甚至以实际行动（如支付加班费、肯定加班成果等）认可了加班行为，则可能被认定为加班。
紧急且必要的加班：
- 在自然灾害、事故灾难、公共卫生事件、社会安全事件等突发事件中，为避免重大损失或危险，员工立即投入工作，即便未提前申请，也应认定为加班。公司需支付相应的加班费。
完成正常工作任务所必需：
- 对于某些因其性质、时间限制必须在正常工作时间之外完成的任务，如项目关键节点、客户紧急要求等，即使未申请，若证明加班与工作职责、业务需求紧密关联且必要，也可能被认定为加班。
三、法律规定的保障
加班费支付标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日工作且不能补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 这意味着，无论是否填写申请单，只要员工加班事实成立，用人单位就应承担相应的法律责任，支付加班费。
维权途径：
- 如果用人单位以未填写申请单为由拒绝支付加班费，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。在维权过程中，员工应提供充分的证据证明加班事实的存在和加班时间的准确性。
四、建议与总结
- 对于员工：建议员工在加班前尽量了解公司的加班制度，并按照规定流程进行申请。如果公司没有明确规定或规定不合理，员工应保留好加班的相关证据，如考勤记录、工作邮件、聊天记录等，以备不时之需。
- 对于公司：建议公司制定合理、明确的加班制度，并确保制度的合法性和合理性。同时，公司应加强对加班的管理和监督，确保员工的加班得到合理的认可和补偿。
总之，公司称没有加班申请不算加班的说法并不绝对合法，需根据具体情况综合判断。如果员工认为自己符合加班情形但用人单位不认可，应收集能证明加班事实的证据，并通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。