员工自己申请加班费，公司是否违法需分情况讨论，具体分析如下：

1. 员工自愿加班且未与公司达成加班协议

• 法律定性：公司不支付加班费不违法。
• 法律依据：
  • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十一条，用人单位安排加班的，才需支付加班费。若加班是员工自愿且未与公司协商一致，公司有权不支付。
  • 实践中，公司通常通过加班审批制度管理加班行为。未经审批的自愿加班，一般不被认定为法定加班，公司无需支付费用。
• 例外情形：
  • 若公司制度或工作量设置不合理，导致员工必须加班才能完成工作（如“隐形强制加班”），员工可提供证据（如工作记录、同事证言）主张加班费。此时公司可能因管理不善被质疑违法。

2. 员工自愿加班但实际由公司安排或组织

• 法律定性：公司需支付加班费。
• 法律依据：
  • 若加班虽未经审批，但属于公司安排的额外工作（如下班前突然增加任务、工作量远超正常负荷），根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十二条，员工可主张加班费。
  • 此时，公司需承担举证责任，若无法证明加班非其安排，可能被认定违法。
• 举证责任：
  • 员工需提供证据（如工作邮件、微信记录、任务分配记录等）证明加班是公司行为。

3. 公司制度或隐性手段导致“自愿加班”

• 法律定性：公司可能构成违法。
• 法律依据：
  • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位不得强迫或变相强迫劳动者加班。若公司通过制度（如不合理考核、惩罚机制）迫使员工“自愿”加班，属于违法行为。
  • 员工可拒绝此类加班，并有权向劳动监察部门投诉。

4. 特殊情形：无法认定为加班的情况

• 根据司法实践，以下情形通常不被认定为加班，公司无需支付费用：
  1. 未付出实质性劳动的工作（如待命、闲聊）；
  2. 工作时间外参加与生产经营无关的活动（如团建、接待）；
  3. 用人单位因安全、消防等需要安排的值班；
  4. 员工因自身原因未完成工作，自发在非工作时间继续工作。

法律建议

1. 对员工：
   • 保留加班证据（如工作记录、沟通记录、考勤数据），以便主张权利。
   • 若公司存在强制或变相强制加班，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
2. 对公司：
   • 完善加班审批制度，明确加班流程，避免争议。
   • 合理设置工作量，避免因管理不善导致“隐形加班”风险。

总结：员工自愿申请加班费，公司是否违法需结合加班性质、公司行为及证据综合判断。若您有具体案例或证据，可进一步向我咨询，我会为您详细分析。