公司私自扣除员工加班费是违法的。以下从不同角度为你详细分析：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

这些规定明确了加班费的支付标准和条件，公司私自扣除加班费显然违反了这些规定。

二、法律后果

1. 行政处罚：劳动行政部门有权对违反劳动法规定的用人单位进行查处，包括责令支付加班费、加付赔偿金等。
2. 民事赔偿：员工有权向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，要求公司支付被扣除的加班费及可能产生的经济补偿。
3. 信誉损失：公司私自扣除加班费的行为还可能损害其商业信誉，影响员工的工作积极性和团队稳定性。

三、实际案例与解析

案例一：某公司员工小张经常加班，但公司却以各种理由扣除其加班费。小张向劳动仲裁机构提起仲裁，要求公司支付被扣除的加班费。仲裁机构审理后认为，公司扣除加班费的行为违反了劳动法规定，遂裁决公司支付小张被扣除的加班费及经济补偿。

解析：在这个案例中，公司私自扣除加班费的行为被劳动仲裁机构认定为违法，并受到了相应的处罚。这充分说明了公司必须遵守劳动法规定，按时足额支付员工加班费。

四、建议与行动

1. 保留证据：如果你发现公司私自扣除了你的加班费，首先要保留好相关证据，如加班记录、工资条等。
2. 与公司协商：在保留好证据的基础上，你可以尝试与公司进行协商，要求公司支付被扣除的加班费。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，你可以向劳动仲裁机构或法院提起仲裁或诉讼，维护自己的合法权益。

作为员工，你有权获得应得的加班费。如果公司私自扣除你的加班费，不要犹豫，及时采取行动维护自己的权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。