公司私自扣员工工资，若缺乏法定理由或未经法定程序，则属于违法行为。接下来，我会详细解释这一结论，并分别从不合法与合法的情况进行说明。

不合法的情况

1. 直接违反法律规定：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司若无故或未经法定程序扣减员工工资，即构成违法。

2. 随意制定罚款制度：公司不能随意以员工轻微违规为由进行罚款，除非这些罚款已在劳动合同中明确约定，并经过民主程序制定相关规章制度。否则，这种私自扣款行为将违反法律规定。

3. 以经营困难为由单方面扣工资：公司经营不善时，不能单方面决定降低员工工资或克扣工资，这侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利，同样属于违法行为。

合法的情况

1. 代扣代缴必要费用：公司可以依法从员工工资中代扣以下费用：个人所得税、应由员工个人负担的各项社会保险费用、法院判决裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。这些代扣行为是基于法律规定的，因此是合法的。

2. 赔偿经济损失：如果员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但需注意，赔偿金额需从劳动者本人的工资中扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。

员工权益保护建议

如果员工认为公司扣减工资不合理或违法，可以采取以下措施维护自己的权益：

• 与用人单位协商：首先尝试与公司进行沟通，了解扣款的具体原因，并提出自己的异议。
• 向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
• 法律途径维权：在必要时，员工可以提起劳动仲裁或诉讼，通过法律手段来维护自己的合法权益。

综上所述，公司私自扣员工工资是否合法需根据具体情况判断。员工应了解自己的权益和公司的扣款依据，以便在必要时采取适当的措施来保护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。