扣除加班工资是违法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位安排劳动者加班，需按照相应标准支付高于正常工作时间工资的报酬。具体而言：

• 安排劳动者延长工作时间，应支付不低于工资的150%的工资报酬；
• 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬；
• 法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的300%的工资报酬。

用人单位克扣加班工资，属于未及时足额支付劳动报酬的违法行为。

劳动者权益保护角度

劳动者有权采取措施维护自身权益。若用人单位克扣加班工资，劳动者可与用人单位协商，要求其足额支付加班工资。协商不成的，劳动者可向劳动监察部门投诉，由其责令用人单位限期支付。劳动者还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还能向人民法院提起诉讼。

证据收集角度

劳动者在维护自身权益时，应注意收集加班证据，如加班通知、考勤记录、工资条等，以证明加班事实和应得的加班工资数额。这些证据在后续的协商、投诉或诉讼过程中将起到关键作用。

法律责任角度

根据《劳动保障监察条例》第二十六条的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付劳动者的工资报酬，并可以责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金。这意味着，用人单位不仅需要支付被克扣的加班工资，还可能面临额外的赔偿责任。

建议与后果：

• 建议：劳动者在遇到用人单位克扣加班工资的情况时，应首先与用人单位进行协商，要求其足额支付加班工资。若协商无果，可及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。
• 后果：若用人单位坚持克扣加班工资，将面临劳动保障行政部门的责令支付和加付赔偿金的法律责任。同时，这种行为也可能损害用人单位的声誉和员工关系，对企业的长期发展产生不利影响。

综上所述，扣除加班工资是违法的，劳动者有权采取措施维护自身权益。若遇到此类问题，建议及时咨询并寻求法律帮助。