结论：不加班就扣1000元工资，这一做法通常是违法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律角度
加班与工资支付的相关规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。加班费通常根据加班的时间和类型（如工作日加班、休息日加班、法定节假日加班）来计算，且加班费的标准有明确规定，如工作日加班一般不低于工资的150%，休息日加班且不能安排补休的，不低于工资的200%，法定节假日加班不低于工资的300%。
- 重要的是，法律并未规定劳动者不加班就可以被扣减工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意扣减。
扣减工资的合法情形：
- 用人单位在特定情况下可以扣减劳动者工资，如因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 除此之外，法律并未授权用人单位因劳动者不加班而扣减工资。
实际操作角度
用人单位的规章制度：
- 即使用人单位在规章制度中规定了不加班就扣减工资的内容，该规定也可能因违反法律强制性规定而无效。因为劳动法律法规对劳动者的权益保护有明确规定，用人单位的规章制度不得与之相抵触。
劳动者的维权途径：
- 如果用人单位因劳动者不加班而扣减工资，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为并支付被扣减的工资。
- 劳动者也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
具体建议
与用人单位沟通：
- 如果遇到用人单位因不加班而扣减工资的情况，建议首先与用人单位进行沟通，了解扣减工资的具体原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
保留证据：
- 在沟通过程中，注意保留相关证据，如工资条、考勤记录、规章制度等，以便在需要时证明自己的权益。
寻求法律帮助：
- 如果沟通无果或用人单位态度强硬，建议及时寻求法律帮助，向专业律师咨询并提起劳动争议仲裁或诉讼。
总结来说，不加班就扣1000元工资的做法通常是违法的。用人单位应当遵守劳动法律法规的规定，不得随意扣减劳动者工资。如果遇到此类情况，劳动者应当积极维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。