结论：企业缴纳社保转入机关事业单位社保好几个月，在符合法定程序和条件的情况下是合法的。以下从不同角度进行分析：

1. 社保转移的合法性基础
   根据《社会保险法》及《城镇企业职工基本养老保险关系转移接续暂行办法》，参保人员在不同统筹地区或不同性质单位（如企业转机关事业单位）间流动时，其社保关系可依法转移接续。只要转移程序符合规定（如提交转移申请、提供参保凭证、办理基金转移等），且转入单位已按规定为其参保，即使转移过程持续数月，仍属合法。

2. 转移期间的权益保障
   在社保转移期间，参保人的权益不受影响。根据规定，转移过程中原参保地社保机构会暂停缴费，但个人账户储存额继续计息；转入地社保机构在接收后，会从接收之日起按新标准计发待遇。若因转移导致待遇暂时中断，后续会进行补发或调整，确保参保人权益完整。

3. 可能存在的违法情形
   若转移过程中出现以下情况，则可能涉嫌违法：

   • 未依法办理转移手续：如单位或个人未提交转移申请、伪造材料等；
     
   • 拖欠社保费用：转移前原单位未缴清社保费，导致转移受阻或影响待遇；
     
   • 违规操作：如利用转移程序漏洞重复参保、骗取社保待遇等。
     此类行为可能面临行政处罚（如罚款、责令整改），情节严重的可能构成犯罪（如诈骗罪）。

4. 实务建议

   • 核实转移程序：参保人可向原单位或社保机构查询转移进度，确认是否已提交完整材料；
     
   • 保留证据：保存转移申请表、参保凭证、缴费记录等，以备维权；
     
   • 及时投诉：若发现单位或社保机构存在违规行为，可向当地人社局或社保中心举报。

总结：企业缴纳社保转入机关事业单位社保的合法性，关键在于是否符合法定程序和条件。若转移过程规范、权益有保障，即使耗时数月亦属合法；反之，若存在违规操作，则可能面临法律风险。如有具体疑问，可直接向我咨询。