结论前置：若公司以“上班抽烟”为由罚款3000元，您可通过协商、投诉或劳动仲裁追回，但需注意时效和证据收集；若公司制度不合法或罚款无依据，追回可能性较大；若制度合法且您存在过错，追回难度较高。以下是具体分析：

1. 先确认公司罚款的合法性

根据《劳动合同法》及地方规定，公司罚款需满足两个条件：

• 制度合法：罚款规定需写入公司规章制度，且经民主程序（如职工代表大会）讨论通过，并向员工公示；
  
• 金额合理：罚款金额一般不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
  

若公司制度不合法或未公示：罚款无效，您可要求全额退还。
若制度合法但金额超标：超出部分无效，您可要求退还超额部分（如3000元超过月工资20%，则超出部分应退还）。

2. 追回罚款的途径

（1）与公司协商

直接与公司HR或上级沟通，要求出示罚款依据（如制度条款、签字确认记录等）。若公司无法提供合法依据，可要求撤销罚款。

（2）向劳动监察部门投诉

若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉（可通过12333热线或官网查询联系方式）。投诉时需提供：

• 劳动合同、工资条、罚款通知等证据；
  
• 公司规章制度（若您有复印件或照片）；
  
• 沟通记录（如邮件、聊天记录）。
  

时效提示：劳动监察投诉时效为2年内，但建议尽快处理，避免证据灭失。

（3）申请劳动仲裁

若投诉未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁（时效为1年）。仲裁请求可包括：

• 返还非法罚款；
  
• 补发因罚款扣除的工资（如有）。
  

证据准备：除上述材料外，可补充同事证言（如有其他人被同样罚款）、公司公示制度的照片等。

3. 关于“时间太长”的应对

若您担心时效问题，需明确：

• 劳动仲裁时效：从您知道或应当知道权利被侵害之日起算1年。例如，若罚款是3个月前发生的，现在仍可仲裁；
  
• 证据固定：即使时间较长，只要您能提供罚款通知、工资条等书面证据，仍可主张权利；
  
• 协商优先：若证据不足，可先尝试协商或投诉，降低维权成本。
  

4. 风险提示

若公司制度合法且您确实违反规定（如抽烟导致安全隐患），罚款可能被认定合法。此时追回难度较大，但可争取：

• 确认罚款金额是否超标；
  
• 要求公司以警告、培训等其他方式替代罚款。
  

建议行动步骤：

1. 收集罚款通知、工资条、公司制度等证据；
   
2. 先与公司协商，要求出示合法依据；
   
3. 若协商无果，1周内向劳动监察部门投诉；
   
4. 同步准备劳动仲裁材料（以防投诉未果）。
   

如有进一步问题（如证据收集、仲裁流程细节），可直接向我咨询，我会结合您所在地的具体规定为您详细解答。