当您提交辞职申请后公司不承认时，您可以按照以下步骤来处理：
一、保留并提交相关证据
首先，您需要确保自己有足够的证据来证明已经提交了辞职申请。这些证据可以包括：
书面证据：
- 如果您是通过电子邮件发送的辞职信，请打印出邮件页面，包括发件人、收件人、发送时间、邮件正文等关键信息。
- 如果是纸质辞职信，且有签收记录的，请提供签收单等证据证明公司已收到。
电子证据：
- 如果您通过公司内部办公系统或即时通讯工具（如微信、钉钉）提交辞职申请，请截图保存聊天记录，并确保记录中包含辞职的具体内容、发送时间和接收对象等信息。
- 同时，保留好这些电子数据的原始载体，如手机、电脑等，以备后续查验。
证人证言：
- 如果有同事或其他相关人员见证了提交辞职信的过程，可以请他们作为证人提供证言。
如果您担心之前的提交未被有效记录，可以通过正式渠道再次向公司提交辞职信，并要求公司出具书面的签收确认文件。例如，以挂号信的方式邮寄辞职信，并保留好挂号信的存根和邮寄凭证。
二、与公司进行积极沟通协商
在保留了足够证据后，接下来您可以尝试与公司进行积极沟通协商：
内部沟通：
- 主动与直接上级或人力资源部门进行沟通，清晰、诚恳地说明自己已经提交了辞职信的情况，并提供所掌握的证据。
- 尝试了解公司不承认的原因，可能是信息传递失误、流程混乱等问题，并尝试协助公司解决这些问题。
协商解决方案：
- 在沟通的基础上，与公司协商一个双方都能接受的解决方案，包括明确离职日期、工作交接安排以及离职手续的办理流程等事项。
- 可以将协商的结果形成书面的协议，由双方签字确认，以避免后续再出现纠纷。
三、寻求外部支持与帮助
如果与公司的沟通和协商无法解决问题，您可以考虑寻求外部支持与帮助：
向劳动监察部门投诉：
- 向当地的劳动监察部门投诉，他们有权对用人单位遵守劳动法律法规的情况进行监督检查，并可以对违法行为进行查处。
- 投诉时需要准备好详细的材料，包括个人身份证明、与公司存在劳动关系的证明（如劳动合同、工资条等）、提交辞职信的相关证据以及与公司沟通的记录等。
申请劳动仲裁：
- 如果劳动监察部门的介入未能解决问题，或者您认为自己的权益受到了严重侵害，可以在规定的时效内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请仲裁需要提交仲裁申请书，写明申请人的基本情况、被申请人的情况、仲裁请求、事实和理由等内容，并附上相关证据材料。仲裁委员会将根据双方提供的证据和相关法律法规进行裁决。
法律诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，或者公司不履行仲裁裁决，您还可以向人民法院提起诉讼。
- 在提起诉讼前，建议咨询专业律师的意见，了解自己的胜诉可能性和诉讼风险，并按照法院的要求准备好相关的诉讼材料和证据。
总之，面对公司不承认辞职申请的情况，您需要保持冷静，通过保留证据、与公司沟通协商以及寻求外部帮助等步骤来维护自己的合法权益。