当公司不承认收到辞职信时，你可以按照以下步骤来维护自己的合法权益：
一、确保已按法定和公司规定程序提交辞职信
书面提交：
- 如果你选择以书面形式提交辞职信，务必确保信件内容明确、清晰，并包含你的姓名、部门、职位、离职日期等关键信息。
- 提交时，最好要求公司出具书面的签收确认文件，如签收单等。若公司拒绝出具，你可以考虑通过其他方式证明已提交，如邮寄时选择可追踪的邮寄方式（如邮政EMS），并保留快递底单及物流信息截图。
电子提交：
- 如果你通过电子邮件或公司内部办公系统提交辞职申请，务必确保邮件主题和内容明确为“辞职报告”，并包含所有必要信息。
- 保存邮件发送记录，包括收件人、发送时间和邮件内容。若在公司内部办公系统提交，应截取完整的提交页面截图，显示提交时间、内容和系统提示提交成功的信息。
二、保留并提交相关证据
证据类型：
- 书面证据：如辞职信的原件或复印件、邮寄底单及物流信息截图、电子邮件发送记录等。
- 电子证据：如公司内部办公系统提交记录的截图、即时通讯工具（如微信、钉钉）中的聊天记录截图等。
- 证人证言：如有同事或其他相关人员见证了提交辞职信的过程，可以请他们作为证人提供证言。
再次提交与确认：
- 若担心之前的提交未被有效记录，可通过正式的渠道再次向公司提交辞职信，并要求公司出具书面的签收确认文件。
- 例如，以挂号信的方式邮寄辞职信，并保留好挂号信的存根和邮寄凭证，这样可以通过邮政系统的查询功能确认信件是否送达以及送达的时间。
三、与公司进行积极沟通协商
内部沟通：
- 主动与直接上级或人力资源部门进行沟通，清晰、诚恳地说明自己已经提交了辞职信的情况，并提供所掌握的证据。
- 了解公司不承认的原因，可能是存在信息传递失误、流程混乱等问题。如果是这种情况，可以尝试协助公司解决这些问题，推动事情得到妥善处理。
协商解决方案：
- 在沟通的基础上，与公司协商一个双方都能接受的解决方案。例如，明确离职日期、工作交接安排以及离职手续的办理流程等事项。
- 可以将协商的结果形成书面的协议，由双方签字确认，以避免后续再出现纠纷。
四、依法维护自己的权益
30天期满自动离职：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。只要你能证明已提前30天（试用期提前3天）提交了书面辞职报告，到期后即可自动离职，无需公司批准。
向劳动监察部门投诉：
- 如果与公司的沟通和协商无法解决问题，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位遵守劳动法律法规的情况进行监督检查，并可以对违法行为进行查处。
- 投诉时需要准备好详细的材料，包括个人身份证明、与公司存在劳动关系的证明（如劳动合同、工资条等）、提交辞职信的相关证据以及与公司沟通的记录等。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门的介入未能解决问题，或者你认为自己的权益受到了严重侵害，可以在规定的时效内向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请仲裁需要提交仲裁申请书，写明申请人的基本情况、被申请人的情况、仲裁请求、事实和理由等内容，并附上相关证据材料。仲裁委员会将根据双方提供的证据和相关法律法规进行裁决。
在整个过程中，请保持冷静和理性，避免采取过激行为。同时，要密切关注自己的合法权益，确保不会受到不公正的对待。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。