在计算超时加班费时，若员工已休年休假，年休假期间不计入加班时间，加班费仍按实际加班时长计算。具体分析如下：

1. 年休假与加班的本质区别
   年休假是法律赋予员工的带薪休息权利（《职工带薪年休假条例》第2条），其本质是正常工作时间外的休息，不涉及“延长工作时间”或“休息日/法定节假日工作”的情形。而加班费是针对员工在法定工作时间外提供劳动的补偿（《劳动法》第44条），二者性质完全不同。因此，年休假期间即使未工作，也不影响加班费的计算逻辑。

2. 加班费的计算规则
   根据《劳动法》第44条，加班费分三种情形：

   • 工作日延长工作时间：支付不低于工资150%的加班费；
     
   • 休息日工作且未补休：支付不低于工资200%的加班费；
     
   • 法定节假日工作：支付不低于工资300%的加班费。
     计算基数为员工本人月工资除以月计薪天数（21.75天）或小时工资。年休假期间员工未提供劳动，自然不产生加班费，但已休年休假不影响其他时间加班费的计算。

3. 特殊情形：年休假与加班时间重叠的处理
   若员工因工作需要，在年休假期间被安排加班（例如单位未批准年休假申请，强制要求工作），则：

   • 该期间性质转变：从“年休假”变为“加班”，需按实际加班情形支付加班费；
     
   • 年休假未休补偿：若员工未休完年休假，单位需按日工资300%支付未休年休假工资报酬（《职工带薪年休假条例》第5条），但此补偿与加班费独立计算，不互相抵扣。

总结建议：

• 员工已休年休假期间，无需计算加班费；
  
• 若年休假被占用用于加班，需按实际加班情形支付加班费，并保留未休年休假的补偿权利；
  
• 计算加班费时，注意区分不同加班情形（工作日/休息日/法定节假日），避免混淆。
  

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