结论：擅自离开岗位是否构成违纪，需结合具体情况判断，但一般情况下，未经批准擅自离岗可能被认定为违纪行为。不过，若因抑郁症且岗位不适应，在申请缩短工时被拒后擅自离岗，这一行为背后存在特殊原因，需进一步分析单位处理是否合理合法。
一、擅自离岗的一般法律定性
从劳动法的角度来看，员工应当遵守用人单位的规章制度，按照约定的工作时间和地点提供劳动。如果员工未经批准擅自离开岗位，这通常会被视为违反了单位的劳动纪律，单位有权根据规章制度对其进行相应的处理，如警告、罚款、甚至解除劳动合同等。
二、特殊情况下的考量
然而，在你所描述的情况下，存在几个特殊因素需要考虑：
抑郁症与岗位不适应：抑郁症是一种精神疾病，可能影响员工的工作能力和状态。如果员工确实因为抑郁症而无法适应原岗位的工作，且已经向单位提出了缩短工时的申请，这表明员工已经尝试通过合理途径解决问题。
申请缩短工时被拒绝：单位拒绝员工的缩短工时申请，可能基于多种原因，如工作安排、生产需要等。但单位在拒绝时，应当考虑员工的实际情况，并尽可能提供合理的解决方案或调整。
擅自离岗的合理性：在申请被拒绝后，员工擅自离岗可能是出于自我保护或无奈之举。然而，这并不意味着这种行为就是合法的或合理的。员工应当通过合法途径解决争议，如与单位协商、申请劳动仲裁等，而不是擅自离岗。
三、单位处理的合法性
如果单位因为员工擅自离岗而对其进行处理，员工可以主张以下抗辩理由：
单位未提供合理便利：根据相关法律法规，用人单位应当为残疾员工（包括精神残疾）提供必要的合理便利。如果单位拒绝员工的缩短工时申请，且未提供其他合理便利，员工可以主张单位未履行法定义务。
处理程序不合法：单位在处理员工违纪行为时，应当遵循法定程序，如听取员工申辩、进行调查等。如果单位未遵循法定程序，员工可以主张处理程序不合法。
四、建议与措施
与单位协商：首先，建议员工与单位进行协商，说明自己的实际情况和困难，争取单位的理解和支持。双方可以共同探讨解决方案，如调整工作岗位、缩短工时等。
申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求单位提供合理便利或确认单位处理行为违法。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据证明自己的主张。
寻求法律援助：如果员工在劳动仲裁过程中遇到困难或需要法律帮助，可以寻求专业律师的法律援助。律师可以提供法律咨询、代理仲裁等服务，帮助员工维护自己的合法权益。
最后，擅自离岗可能构成违纪行为，但在特殊情况下（如抑郁症且岗位不适应），员工有权主张单位提供合理便利并遵循法定程序处理争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。